国家安全是国家的基本利益。目前在华境外非政府组织对国家安全的消极影响主要表现在国家主权安全、基层政权安全、意识形态安全等方面。加强政府对在华境外非政府组织的管理,必须建立健全在华境外非政府组织有关法律法规;适当降低在华境外非政府组织准入门槛,明确监管主体;建立严格的在华境外非政府组织财务监督机制。