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小麦TaCIPK31基因的克隆及生物信息学分析
  • ISSN号:1000-2340
  • 期刊名称:河南农业大学学报
  • 时间:2013.6.1
  • 页码:262-266
  • 分类:S512.1[农业科学—作物学]
  • 作者机构:[1]河南农业大学河南省粮食作物生理生态与遗传改良国家重点实验室培育基地,河南郑州450002, [2]海南大学农学院,海南海口570228
  • 相关基金:国家自然科学基金项目(31101207;31160185)
  • 相关项目:小麦TaSOS1蛋白活性调节区的鉴定及其耐盐突变基因的筛选
作者: 许海霞|
中文摘要:

根据小麦CIPK相关EST序列TC95390,采用eDNA末端快速扩增(RACE)技术,从耐盐性、耐旱性较好的小麦品种石4185中克隆出5’末端和3’末端,序列拼接后获得全长基因,同源比对后命名为TaClPK31(Gen-Bank登录号JX625142.1),并对该基因进行了生物信息学分析.结果表明,TaCIPK31编码区长1350bp,编码449个氨基酸;TaCIPK31的理论等电点为8.27,相对分子质量为50.9kD,是亲水性较强的氨基酸;TaCIPK31的N-端激酶催化域含有该家族基因的典型激活环,C-端调节域含有CIPK家族中高度保守的NAF结构域,具有丝氨酸-苏氨酸蛋白激酶的结构特征;氨基酸序列同源性分析表明,TaCIPK31与已报道的大麦HvCIPK31、水稻OsCIPK3、玉米ZmCIPK31有较高的同源性.

英文摘要:

Based on the wheat CIPK EST sequence of TC95390, we got the 3'-end and 5'-end using RACE (rapid-amplification of cDNA ends) method from wheat cuhivar Shi 4185 which has higher drought-resistance and salt-resistance. The whole sequence of gene was analyzed and named as TaCIPK31 by sequence homology and deposited in GenBank database of accession number JX625142.1. Bioinformatics analysis was undergone meanwhile. The results showed that the ORF length of TaCIPK31 was 1 350 bp and encoded 449 amino acids. The pI and Mw of TaCIPK31 were 8.27 and 50.9 kD, respectively. TaCIPK31 was a hydrophilic stable protein while there was only one significant hydrophobic peak and one transmembrane peptide. The TaCIPK31 protein contained a catalytic Ser/ Thr protein domain in its N-terminal region and a regulatory domain with NAF motif at its C-terminus, which is in line with the typical CIPK structural characteristics. The amino acids sequence analysis showed that TaCIPK31 has higher homology with HvCIPK31, OsCIPK3 and ZmCIPK31.

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期刊信息
  • 《河南农业大学学报》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:河南农业大学
  • 主办单位:河南农业大学
  • 主编:张改平
  • 地址:郑州市文化路95号
  • 邮编:450002
  • 邮箱:hnndxb@henau.edu.cn
  • 电话:0371-63558885
  • 国际标准刊号:ISSN:1000-2340
  • 国内统一刊号:ISSN:41-1112/S
  • 邮发代号:36-132
  • 获奖情况:
  • 全国农林类核心期刊,全国优秀科技期刊,河南省优秀科技期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版)
  • 被引量:14872