雌激素在雌性性分化和繁殖的调节中起着十分关键的作用。雌激素首先在脊椎动物的胚胎时期的卵巢中产生。哺乳动物性腺的分化独立于雌激素的产生,试验表明雌激素在其他的脊椎动物的性腺分化中起着关键的作用。雌激素在鸟类卵巢的分化中起到决定性的作用,胚胎时期的鸡胚胎性腺能够合成类固醇类激素,包括雌二醇,并且雌性性腺比雄性分泌更多的类固醇类激素,外源性雌激素可以使雄性雌性化,而雌激素的对抗物则可以扰乱正常的卵巢的形成,如果给遗传上的雌性注射芳香化酶抑制剂就可以使其雄性化,同时外源性雌激素也可使爬行动物睾丸雌性化。