流域科层管理碎片化体制是当前我国流域水资源短缺、水生态破坏和水污染加剧等水安全问题突出的重要制度根源。河长制实行流域行政分包、跨部门协作和公众参与等措施,它是流域生态环境整体性治理的探索性实践。从当前河长制运行情况看,存在着纵向分包治理成本分摊不均衡、横向功能整合面临诸多掣肘以及公私合作程度低等内生困境。因此,提升流域生态环境整体性治理能力,要以深化河长制改革为突破口,明晰流域分层治理的责权利,推进流域环保机构整合,拓展流域治理公私合作领域等。