位置:成果数据库 > 期刊 > 期刊详情页
基于转录组测序的波纹巴非蛤微卫星标记研究
  • ISSN号:1007-7405
  • 期刊名称:集美大学学报(自然科学版)
  • 时间:2015
  • 页码:206-264
  • 分类:Q959.215[生物学—动物学] Q789[生物学—分子生物学]
  • 作者机构:[1]集美大学水产学院,福建厦门361021, [2]农业部东海海水健康养殖重点实验室,福建厦门361021, [3]福建省海洋渔业资源与生态环境重点实验室,福建厦门361021, [4]云南农业大学动物科学技术学院,云南昆明650201
  • 相关基金:国家自然科学基金(31172397);福建省高等学校新世纪优秀人才支持计划(JA14167);福建省海洋渔业资源与生态环境重点实验室开放基金(Z814041);福建省大学生创新创业训练计划项目(20141039046)
  • 相关项目:大黄鱼抗高温SNP位点筛查、eQTL分析及验证
中文摘要:

应用MISA软件对波纹巴非蛤转录组测序数据进行分析,共获得7378个微卫星标记,从中选取95个位点设计引物,并在一个野生波纹巴非蛤群体中进行分析验证,结果显示:95个位点中能够扩增出清晰条带的位点有30个,其中15个位点表现为单态,15个位点呈现多态.使用15个多态位点进行波纹巴非蛤群体的遗传多样性分析,结果表明:这15个位点的等位基因数为2~9,平均等位基因数为4.733,平均有效等位基因数为2.438,平均观测杂合度和平均期望杂合度分别为0.270、0.516,平均多态信息含量为0.457.

英文摘要:

Using MISA software, 7378 microsatellite markers were identified from the transcriptome data of Paphia undulata, in which 95 loci were chosen to design the primers and the PCR products were verified in a wild group of Paphia undulata. The results showed that a total of 30 loci were successfully amplified, of which 15 loci were monomorphic and other 15 loci were polymorphic. The allelic number (Na) and the effi-cient allelic number (Ne) in these 15 polymorphic loci were 4. 733 and 2. 438, respectively. The average ob-served heterozygosity (Ho) and the expected heterozygosity (He) were 0. 270 and 0. 516, respectively. The average of polymorphism information content (PIC) was 0. 457.

同期刊论文项目
同项目期刊论文
期刊信息
  • 《集美大学学报:自然科学版》
  • 主管单位:集美大学
  • 主办单位:集美大学
  • 主编:曹敏杰
  • 地址:福建厦门集美区银江路185号
  • 邮编:361021
  • 邮箱:xuebao@jmu.edu.cn
  • 电话:0592-6181045
  • 国际标准刊号:ISSN:1007-7405
  • 国内统一刊号:ISSN:35-1186/N
  • 邮发代号:
  • 获奖情况:
  • 华东地区优秀期刊" "中国高校特色科技期刊" "福...
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),波兰哥白尼索引,美国剑桥科学文摘,英国动物学记录,英国食品科技文摘
  • 被引量:3663