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基于简化基因组测序的大黄鱼耐高温性状全基因组关联分析
  • ISSN号:1000-3207
  • 期刊名称:《水生生物学报》
  • 时间:0
  • 分类:Q344.1[生物学—遗传学]
  • 作者机构:集美大学水产学院,农业部东海海水健康养殖重点实验室,厦门361021
  • 相关基金:国家自然科学基金(31172397和31402339);福建省高等学校新世纪优秀人才支持计划(JA14167)资助
中文摘要:

利用Illumina HiSeqTM 2500测序平台, 对通过高温胁迫实验筛选得到的20尾耐高温和20尾不耐高温的大黄鱼(Larimichthys crocea)进行了简化基因组测序(SLAF-seq), 每个样本的平均测序深度达到10.26×, 共获得419211个高质量的群体单核苷酸多态性(SNP)位点 .利用TASSEL软件的混合线性模型(MLM)进行全基因组关联分析(GWAS), 共筛选到38个与大黄鱼耐高温性状显著相关的SNP位点(P〈2.39E–08).利用BLAST程序定位每个SNP位点在大黄鱼基因组中的位置, 并分析其周围的功能基因.结果在38个SNPs附近共找到26个已知的功能基因, 这些基因主要与细胞转录、代谢、免疫等功能相关.研究结果可为下-步大黄鱼耐高温分子机制解析及耐高温品种的选育提供参考.

英文摘要:

Twenty thermal-tolerant and twenty thermal-sensitive individuals of Larimichthys crocea were sequencedusing specific-locus amplified fragment (SLAF-seq) technology based on Illumina HiSeqTM2500 platform. 419211 SN-Ps were identified with an average read depth of 10.26× for each sample. Thirty-eight SNPs (P〈2.39E–08) signifi-cantly related with thermal tolerance trait were identified according to association analysis. The SNP locations in largeyellow croaker genome were identified using BLAST program, and functional genes around SNP were annotated.Twenty-six genes with known functions were discovered around 38 SNPs, which mainly regulate cell transcription,metabolism and immunity. These results provide basic information to analyze thermal-tolerant molecular mechanismand develop thermal-tolerant lines of Larimichthys crocea in the future.

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期刊信息
  • 《水生生物学报》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:中国科学院
  • 主办单位:中科院水生所
  • 主编:桂建芳
  • 地址:武昌东湖南路7号中科院水生所
  • 邮编:430072
  • 邮箱:Acta@ihb.ac.cn
  • 电话:027-68780701
  • 国际标准刊号:ISSN:1000-3207
  • 国内统一刊号:ISSN:42-1230/Q
  • 邮发代号:82-329
  • 获奖情况:
  • 湖北省十佳重点期刊,中国农学会中国水产学会优秀科技期刊一等奖,中国科学院优秀期刊三等奖,中国期刊方阵“双效”期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,美国生物科学数据库,英国动物学记录,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:21674