采用博弈论的方法对种子企业与公共科研部门合作研发的利益分配模式进行了研究,构建了固定支付模式、产出分享模式、混合支付模式下双方合作研发的利益分配博弈模型,分析了不同利益分配模式下合作双方的投资策略及预期市场收益,并对混合支付模式下的利益分配模式进行了改进,探讨了预期市场收益与利益分配模式之间的关系。