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人类和模式生物标准转录数据库Web服务系统“StdTransDb”的技术实现
  • ISSN号:0255-8297
  • 期刊名称:《应用科学学报》
  • 时间:0
  • 分类:Q754[生物学—分子生物学]
  • 作者机构:[1]军事医学科学院卫生勤务与医学情报研究所,北京100850, [2]军事医学科学院放射与辐射医学研究所,北京100850, [3]国防科技大学并行与分布处理国防科技重点实验室,长沙410073
  • 相关基金:国家重点基础研究发展计划(“973”计划)(2003CB715900);国家高技术研究发展计划(“863”计划)(2002AAZ34021);国家自然科学基金重大研究计划(90208017);并行与分布处理国防科技重点实验室基金项目(51484050304JB4401);北京市科技新星计划A类(2005a44);军事医学科学院科技创新启动基金(0401001;0402013)
中文摘要:

以RefSeq数据库和已测序基因组序列为模板,通过大规模计算得到代表转录各层次信息的“标准转录数据库”,并利用通用网关接口技术,建立了人类和模式生物标准转录数据集Web服务系统。用户提交RefSeq记录号或自由注释词,可检索获得序列的全部信息,实现对基因结构解析的在线计算。目前系统覆盖了人、拟南芥、水稻、大鼠、小鼠、斑马鱼等6个物种,拥有数据记录18万余条。为深入研究人类及其他物种转录组提供了重要工具,并为进一步分析真核基因的可变剪接方式提供了坚实的数据基础。

英文摘要:

Using Refseq database and standard genomic sequences as template, through large scale computing analysis, we get the standard transcription database named"StdTransDb". A web server which supports sequence search and online transcript computing by different algorithms has been implemented by using CGI technology. User can provide Refseq access number or annotation words to retrieve related information and get gene structure parsing results online.The system includes over 180,000 records of six model species, including Homo sapiens, Arabidopsis thaliana, Oryza sativa, Mus musculus, Rattus norvegicus and Danio rerio. The system provides important tool for human and other species transcriptome research, and contributes to the analysis on alternative splicing of eukaryotic genes.

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期刊信息
  • 《应用科学学报》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:上海市教育委员会
  • 主办单位:上海大学 中国科学院上海技术物理研究所
  • 主编:王延云
  • 地址:上海市上大路99号123信箱
  • 邮编:200444
  • 邮箱:yykxxb@departmenl.shu.edu.cn
  • 电话:021-66131736
  • 国际标准刊号:ISSN:0255-8297
  • 国内统一刊号:ISSN:31-1404/N
  • 邮发代号:4-821
  • 获奖情况:
  • 首届中国高校优秀科技期刊,第2届中国高校优秀科技期刊奖,全国高校优秀科技期刊,中国科技期刊方阵双效期刊,上海市优秀科技期刊,首届《CAJ-CD》执行优秀期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),荷兰文摘与引文数据库,美国剑桥科学文摘,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版)
  • 被引量:4747