给出了二重比对SPA算法的一个扩展,把SPA算法推广到蛋白质编码基因的比对中.首先利用经典的密码子进化模型,得到了密码子两两的得分矩阵,并用该矩阵对SPA算法进行了修改,使其更加合理有效地应用于蛋白质编码基因的比对.
The Super Pairwise Alignment(SPA) algorithm to align the protein coding gene is extended. Firstly, the score matrix of codons using codon model is obtained, then apply SPA to align the protein coding gene using this matrix.