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基于SPA的蛋白质编码基因的比对
  • ISSN号:0465-7942
  • 期刊名称:《南开大学学报:自然科学版》
  • 时间:0
  • 分类:O29[理学—应用数学;理学—数学]
  • 作者机构:[1]南开大学数学科学学院,天津300071
  • 相关基金:国家自然科学基金(10271061;90208022);天津市应用基础研究计划项目(07JCZDJC06400)
中文摘要:

给出了二重比对SPA算法的一个扩展,把SPA算法推广到蛋白质编码基因的比对中.首先利用经典的密码子进化模型,得到了密码子两两的得分矩阵,并用该矩阵对SPA算法进行了修改,使其更加合理有效地应用于蛋白质编码基因的比对.

英文摘要:

The Super Pairwise Alignment(SPA) algorithm to align the protein coding gene is extended. Firstly, the score matrix of codons using codon model is obtained, then apply SPA to align the protein coding gene using this matrix.

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期刊信息
  • 《南开大学学报:自然科学版》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:教育部
  • 主办单位:南开大学
  • 主编:田建国
  • 地址:天津南开区卫津路94号
  • 邮编:300071
  • 邮箱:
  • 电话:022-23501681
  • 国际标准刊号:ISSN:0465-7942
  • 国内统一刊号:ISSN:12-1105/N
  • 邮发代号:6-174
  • 获奖情况:
  • 中国期刊方阵“双效”期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),德国数学文摘,英国动物学记录,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:4822