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天然红树林土壤微生物大片段宏基因组文库的构建
  • ISSN号:0250-3301
  • 期刊名称:《环境科学》
  • 时间:0
  • 分类:X17[环境科学与工程—环境科学]
  • 作者机构:[1]厦门大学生命科学学院细胞生物学与肿瘤细胞工程教育部重点实验室,厦门361005, [2]厦门大学近海海洋环境科学国家重点实验室,厦门361005, [3]厦门大学生命科学学院应用与环境微生物研究所,厦门361005
  • 相关基金:国家自然科学基金项目(40576054,40476047);长江学者和创新团队发展计划项目(40521003)
中文摘要:

采用改良及优化后的原位裂解法提取红树林土壤环境DNA,通过脉冲场电泳图谱显示所得DNA片段主要集中于23~50kbp范围,表明大片段DNA在总DNA中的比率明显提高;对改良后的原位裂解提取法与不同DNA纯化方法的组合进行比较分析,确定电洗脱为最佳纯化方法;运用改良后的原位裂解提取法与电洗脱纯化法联用实验方案,构建了4个季节天然红树林土壤Cosmid宏基因组文库.随机挑取克隆子,提取质粒后经BamHI酶切验证,平均插入片段均大于35 kbp,且片段类型各不相同,推测该文库至少包含了335 Mbp潮间带微生物基因组信息.该方法的建立使得开发红树林湿地生态系统的特色微生物资源成为可能,并为探索其它生境的未培养微生物资源提供借鉴.

英文摘要:

Applying our optimized direct extraction method, the percentage of large fragment DNA in the total extracted mangrove soil DNA was significant increased. The large fragment metagenome library derived from natural mangrove soil over four seasons was successfully constructed by the optimized DNA extraction and electro elution purification method. All of the clones had recombinant Cosmlds and each differed in their fragment profiles When Cosmid DNA was extracted from 12 randomly picked colonies and digested with BamHI. The average insert size for this library was larger than 35 kbp. This culturing-independent library at least encompassed 335 Mbp valuable genetic information of mangrove soil microbes. It allowed mining of valuable intertidal microbial resource to become a reality. It is a recommended method for those researchers who have still not circumvented the large insert environmental libraries or for those beginning research in this field, so as to avoid them attempting repetitive, fussy work.

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期刊信息
  • 《环境科学》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中国科学院
  • 主办单位:中国科学院生态环境研究中心
  • 主编:赵进才
  • 地址:北京市2871信箱(海淀区双清路18号)
  • 邮编:100085
  • 邮箱:hjkx@rcees.ac.cn
  • 电话:010-62941102 62849343
  • 国际标准刊号:ISSN:0250-3301
  • 国内统一刊号:ISSN:11-1895/X
  • 邮发代号:2-821
  • 获奖情况:
  • 在全国第一届和第二届优秀科技期刊评比中分别荣获...,二次荣获中国科学院优秀期刊评比一等奖,荣获中国期刊方阵双奖期刊荣誉
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),荷兰文摘与引文数据库,美国工程索引,美国生物医学检索系统,美国剑桥科学文摘,美国生物科学数据库,英国动物学记录,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
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