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羊草microRNA和靶基因的生物信息学预测
  • ISSN号:1673-5021
  • 期刊名称:《中国草地学报》
  • 时间:0
  • 分类:Q789[生物学—分子生物学] S543.9[农业科学—作物学]
  • 作者机构:[1]吉林农业大学生物反应器与药物开发工程研究中心,吉林长春130118, [2]吉林农业大学生命科学学院,吉林长春130118
  • 相关基金:转基因生物新品种培育重大专项(2014ZX08010-002); 国家自然科学基金项目(31271746;31101091;31201144)
中文摘要:

为鉴定羊草microRNA基因信息并明确其在羊草生长发育、抗逆过程中的调控作用,用羊草small RNA的SRA数据,根据miRBase21.0信息比对,分别获得隶属于39个microRNA家族的141个已知microRNA基因及新注释的6个novel microRNA,并且预测到新microRNA的二级结构为颈环结构。利用单子叶植物ESTs文库预测到1196个靶基因信息,对羊草microRNA基因具有调控作用。Nr注释及COG注释显示多数靶基因参与羊草的信号转导过程,揭示microRNA参与了羊草的生长发育、新陈代谢、逆境调控等。

英文摘要:

In this research,SRA data of Leymus chinensis small RNA was employed to identify microRNA information,and explicit microRNAs regulative roles in the process of growth,development and stress response.141 microRNAs and 6novel microRNAs were obtained by BLASTN according to miRBase21.0database.New secondary structure and hairpin structure of microRNAs were predicted with RNA fold.1196 target genes of microRNAs were predicted out according to monocotyledon ESTs library information.Targets mRNA were degraded or inhibited by their microRNA.Nr and COG annotation displayed a majority of targets were involved in signal transduction process.It revealed that microRNAs involved in the growth,development,metabolism,regulation and stress response of Leymus chinensis.

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期刊信息
  • 《中国草地学报》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中华人民共和国农业部
  • 主办单位:中国农业科学院草原研究所
  • 主编:侯向阳
  • 地址:呼和浩特乌兰察布东街120号
  • 邮编:010010
  • 邮箱:zgcdxb@126.com
  • 电话:0471-4928361
  • 国际标准刊号:ISSN:1673-5021
  • 国内统一刊号:ISSN:15-1344/S
  • 邮发代号:16-32
  • 获奖情况:
  • 2002年获“第三届全国优秀农业期刊”奖,2000年获《CAJ-CD规范》执行优秀奖,1997年获“内蒙古自治区第二届优秀科技期刊一等奖”
  • 国内外数据库收录:
  • 英国农业与生物科学研究中心文摘,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版)
  • 被引量:6274