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基于GEP-BP网络集成的蛋白质二级结构预测方法研究
  • ISSN号:1001-3695
  • 期刊名称:《计算机应用研究》
  • 时间:0
  • 分类:TP183[自动化与计算机技术—控制科学与工程;自动化与计算机技术—控制理论与控制工程]
  • 作者机构:[1]青岛农业大学理学与信息学院,山东青岛266109, [2]西北农林科技大学机电工程学院,陕西杨凌712100
  • 相关基金:国家自然科学基金资助项目(30471138)
作者: 王艳春[1,2]
中文摘要:

为提高蛋白质二级结构预测的精度,提出了一种基于GEP—BP网络集成的两层结构预测模型。首先利用基因表达式编程(GEP)的全局搜索能力同时进化设计BP网络的结构和连接权,并将进化最后一代的个体用BP算法进一步训练学习,然后采用组合方法将部分个体集成构成模型的第一层;根据神经网络输出之间具有相关性,用第二层网络对第一层的预测结果进行精炼。用PDBSelect25中的36条蛋白质共6122个残基进行测试,结果表明提出的模型能有效预测蛋白质二级结构,将预测精度提高到73.02%。

英文摘要:

In order to improve the prediction accuracy of protein secondary structure, this paper presented a new prediction model composed of two-level network based on GEP-BP network ensemble. Firstly, evolved simultaneously the structure and connection weights of BP network were by using global research ability of GEP, then trained fatherly all the individuals of last generation by BP algorithm and formed the first-level through a combination method to ensemble part of individuals. Secondly, according to the dependency of neighboring neural network output, refined the results of the first-level by the second-level net- work. Employed the model to predict 36 nonhomologous protein sequences with 6122 residues in PDBSeleet25. The results show that the proposed model can efficiently improve the prediction accuracy, increasing prediction accuracy to 73.02%.

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期刊信息
  • 《计算机应用研究》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:四川省科学技术厅
  • 主办单位:四川省计算机研究院
  • 主编:刘营
  • 地址:成都市成科西路3号
  • 邮编:610041
  • 邮箱:arocmag@163.com
  • 电话:028-85210177 85249567
  • 国际标准刊号:ISSN:1001-3695
  • 国内统一刊号:ISSN:51-1196/TP
  • 邮发代号:62-68
  • 获奖情况:
  • 第二届国家期刊奖百种重点科技期刊,国内计算技术类重点核心期刊,国内外著名数据库收录期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,波兰哥白尼索引,英国科学文摘数据库,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:60049