农村经济合作组织的发展与新农村建设及其流通体系的构建之间存在着内在的逻辑一致性,支持并确立农村经济合作组织在农产品流通体系中的主体地位符合市场化取向的农产品流通体制变革的内在要求。农村经济合作组织的生产流通合作效率是决定其发展的关键因素,2006年和2008年进行的两次对普兰店市农村专业合作经济组织的调研资料和构建的生产流通合作效率评价计量模型分析表明,农村专业合作组织中农民之间的横向合作、农民与购买者之间的合作以及专业合作组织与政府间的合作对于农村经济合作组织经济绩效的提升都具有显著影响。其中,以政府支持和投入为主要特征的专业合作组织与政府间的合作影响程度最大,而且在现阶段发展农村经济合作组织的过程中要同时发挥政府部门和经济合作组织自身建设的作用。