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甜瓜果斑病致病基因生物信息学分析
  • ISSN号:1001-0009
  • 期刊名称:《北方园艺》
  • 时间:0
  • 分类:S652.603[农业科学—果树学;农业科学—园艺学]
  • 作者机构:新疆大学生命科学与技术学院,新疆乌鲁木齐830046
  • 相关基金:国家自然科学基金资助项目(31260258)
中文摘要:

以已报道的甜瓜果斑病的致病基因和多个与致病性相关的未知蛋白为试材,采用生物信息学方法研究了其致病基因,并且利用生物信息学的工具和软件分析这些未知蛋白,以期为今后从分子水平防治果斑病奠定理论基础。结果表明:通过DNAMAN软件的比对分析,得到3个综合匹配程度较高的未知蛋白,预测这些蛋白是由该病菌Ⅲ型分泌系统的hrp基因簇编码;通过Bioedit和ProtParam软件工具分析获得6个未知蛋白的氨基酸组成、大小、分子质量、理论等电点和疏水性;同时运用DNAMAN软件分析得到相对应的二级结构。该研究结果可为今后深入研究此类基因提供指导作用。

英文摘要:

Taking reported pathogenic genes and the unknown pathogenesis-related protein as the experimental materials.These pathogenic genes were studied using bioinformatics methods,and proteins through the application of tools and software of bioinformatics.The aim was to prevent the disease through the research of molecular pathogenic mechanism.The results showed that three high matched unknown proteins were predicted to be encoded by hrpgene cluster of typeⅢsecretion system in the bacteria through comparative analysis;the size,composition,molecular weight,theoretical isoelectric point and hydrophobicity of the six unknown proteins were gained by Bioedit and ProtParam;the secondary structure of these proteins were analyzed by DNAMAN.Analysis of pathogenesis-related genes could provide a guidance for further study.

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期刊信息
  • 《北方园艺》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:黑龙江省农科院
  • 主办单位:黑龙江省园艺学会 黑龙江省农业科学院
  • 主编:毕洪文
  • 地址:哈尔滨市南岗区学府路368号
  • 邮编:150086
  • 邮箱:bfyybjb@163.com
  • 电话:0451-86674276
  • 国际标准刊号:ISSN:1001-0009
  • 国内统一刊号:ISSN:23-1247/S
  • 邮发代号:14-150
  • 获奖情况:
  • 1996年获黑龙江省优秀期刊奖(二等),2000年获黑龙江省优秀期刊奖,2002年获全国优秀农业期刊奖,2005年获首届黑龙江省出版精品工程提名奖,2009年获中国北方优秀期刊奖
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:36972