西瓜品种资源遗传基础狭窄,在一定程度上对培育优质西瓜品种造成了困难。而野生西瓜具有许多优良的农艺性状,挖掘利用野生西瓜种质资源的有益基因,是西瓜品种改良的重要途径。以野生西瓜材料A69为供体亲本,栽培西瓜材料203Z为轮回亲本,通过连续回交,获得超过100个BC4株系。在BC4株系中发现了大量的果实性状变异,如不同瓤色、酸味、苦味、硬果皮、硬果肉、低糖等。选择其中的部分变异株系进行SSR标记,通过GGT遗传分析软件进行基因型分析。结果表明,选用的178对SSR引物在两个亲本材料之间具有多态性的引物有99对,多态率为55.6%,且多为共显性标记,说明两亲本材料遗传差异较大。以其中1株果肉硬度变异株系为例,发现在西瓜的第1、2、6、8、10、11染色体上存在7条不同长度的外源野生片段,且多为杂合片段,片段总长度为59.9 c M,平均片段长度为8.56 c M,最长片段为17.55 c M,最短片段为5.6 c M,背景恢复率为92.3%。同时对9个果肉硬度变异株系的基因型进行比较,发现有6个以上的不同单株在6条染色体上均存在外源野生片段,可以推测其中的一个或多个外源野生片段存在着控制果肉硬度大小的基因。