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复杂疾病基因鉴定的计算生物学方法
  • ISSN号:0253-9772
  • 期刊名称:《遗传》
  • 时间:0
  • 分类:S816.9[农业科学—饲料科学;农业科学—畜牧学;农业科学—畜牧兽医] S511[农业科学—作物学]
  • 作者机构:[1]华中师范大学生命科学学院,武汉430079
  • 相关基金:国家自然科学基金项目(编号:30340068)和湖北省自然科学基金项目(编号:2005ABA132)资助
中文摘要:

过去20多年复杂疾病易感基因鉴定的主要方法是连锁分析和关联研究。因为连锁分析确定的数量性状位点通常很宽,加之对区域内大部分基因的功能以及基因功能和疾病之间联系的认识十分有限,所以从数量性状位点到基因的识别是一个挑战。近年来发展了一些利用公共数据库的信息预测疾病易感基因的计算生物学方法。文章简要介绍了DGP、Gene Seeker、Prioritizer、PROSPECTR and SUSPECTS及Endeavor5种计算生物学方法的基本原理,以2型糖尿病/肥胖和骨质疏松症易感基因的预测为例说明它们的应用方法,并讨论了这些方法的局限及应用前景。

英文摘要:

For the past two decades, the dominant methods to identify susceptibility genes of complex disease were linkage analysis and association study. Linkage analysis usually identifies broad intervals, which can encompass dozens to hundreds of candidate genes. Transition from quantitative trait loci to gene has been a challenge due to the absence of complete functional information for the majority of genes in this susceptibility locus and limited knowledge of the link between gene function and disease. Recently, computational biology tools that employ information extracted from public online databases have been developed. In this review, we introduced principles of DGP, GeneSeeker, Prioritizer, PROSPECTR and SUSPECTS (P and S), and Endeavor, then used the prediction of susceptibility genes for type 2 diabetes mellitus/obesity and osteoporosis as examples to elucidate the application of computational biology strategies, and finally discuss the limitations and prospects of these methods.

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期刊信息
  • 《遗传》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中国科学院
  • 主办单位:中国遗传学会
  • 主编:张永清
  • 地址:北京朝阳区北辰西路1号院中国科学院遗传发育所
  • 邮编:100101
  • 邮箱:yczz@genetics.ac.cn
  • 电话:010-64807669
  • 国际标准刊号:ISSN:0253-9772
  • 国内统一刊号:ISSN:11-1913/R
  • 邮发代号:2-810
  • 获奖情况:
  • 中国自然科学核心期刊,《CAJ-CD》执行优秀奖,2008年12月获“中国精品科技期刊”证书和北京市印...
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,荷兰文摘与引文数据库,美国生物医学检索系统,美国生物科学数据库,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:23270