针对断面大、水头高,结构复杂的水下盾构隧道,通过分析其在横向和纵向结构特点,提出了合理的抗震设计方法。在地层条件较均匀的横断面,通过成层重复反射理论,计算出工程场地地层的实际地震响应,采用反应位移法对隧道典型断面进行地震反应分析,再将其结果与静力计算结果叠加后作为抗震设计的依据。纵向则考虑线状结构特点、沿隧道纵向地层的不均匀性、地震行波效应和边界效应等方面的因素,应用三维时程响应法加以计算分析。对2种方法的特点、适用条件和分析流程进行了系统阐述,并将其应用于越长江盾构隧道工程,揭示了该典型水下盾构隧道的动力响应特征及抗震的薄弱部位。