用SAGE(基因表达系列分析)技术分析前列腺癌与癌旁正常组织的基因差异表达,得到的未知SAGE标签均可能代表着前列腺癌相关新基因。为了从较多的未知标签中筛选有意义的标签去克隆新基因,本研究利用NCBI 免费SAGE数据库及在线分析软件进行第一次分析筛选,确定了6条有意义的未知标签;计划进一步采用GLGI技术将这6条标签制备成寡核苷酸探针,组织芯片技术检测未知标签代表的新基因在40例正常前列腺、160例前列腺癌群体中的表达率,以表达率的高低进行第二次筛选未知标签;最后选用兴趣标签的相应探针,从前列腺癌cDNA文库克隆出相应新基因测序并注册Genebank,初步用生物信息学分析预测其功能。如果本研究成功,不仅可为研究前列腺癌相关新基因的功能奠定重要的基础,而且可为如何筛选有意义的未知肿瘤SAGE标签提供一新的思路。
基于SAGE 数据库挖掘技术筛选前列腺癌差异表达基因及前列腺特异表达基因,获得一些文献未见报道的候选基因提示,为类似"硅片实验"方法提供一些了一些方法学的探讨。首次证明了基因LOC389816是一个在前列腺优势表达的新基因。生物信息学方法初步推测其蛋白产物可能是一个具有信号传导活性的膜受体蛋白,有希望成为前列腺癌诊断及治疗的癌标。制备了LOC389816蛋白的多克隆抗体,免疫组化证实LOC389816蛋白位于前列腺正常及癌组织腺上皮的细胞膜。Northern blotting证明了基因BRP44 为前列腺癌上调表达基因;生物信息学方法初步推断BRP44可能是一个在转录或者翻译水平控制肿瘤细胞线粒体某些基因的表达的调节因子;亚细胞定位证实pEGFP-BRP44融和蛋白在LNCaP细胞核及细胞浆均有表达,在胞浆的表达相比胞核更强;RNA干扰下调BRP44的表达会促进LNCaP细胞的生长增殖。获得稳定高表达BRP44的PC-3细胞亚克隆,证实上调BRP44的表达会促进PC-3细胞的侵袭及生长增殖能力。提示BRP44可能对不同特点的前列腺癌细胞的生长增殖具有完全不同的调节作用。