中文摘要：

采用计算机软件包处理现有柑橘表达序列标签（EST）DNA序列数据，剔除载体、克隆和测序误差、异位同祖基因（paralogous gene）等干扰因素，筛查高质量候选单核苷酸多态性分子标记（SNP）10000个，收录到SNP数据库。根据实验室现有技术要求，设计候选SNP的PCR引物，采用PCR-SSCP(单链构象多态性)、PCR-RFLP（限制性酶切片段多态性）、荧光定量PCR、必要时测序等技术试验验证候选SNP。利用验证了的具有多态性的SNP标记，分析50份柚品种资源的10个SNP位点，研究柚品种资源的遗传多态性，探讨柚品种起源和相互间的亲缘关系，建立重要柚品种基于SNP分子标记的DNA条码。同时，利用SNP区分1000株以上的柑橘多胚杂交苗。

结论摘要：

将500000条EST按物种或者无性系进行组装。改进QualitySNP预测算法，即剔除高度相似（>95%相似度）旁系同源的基因、剔除EST序列末端5’50bp和3’端300bp低质量序列、利用品种遗传背景限制单体型数量等，成功地将SNP预测准确度由75%提高到了95%以上。从这些EST中获得了可信度≥95%的SNP分子标记3万多个。比较了单链构象多态性（PCR-SSCP）、等位基因特异PCR（PCR-ARMS）、高分辨率溶解曲线（PCR-HRM）等SNP实验分型方法，确定高分辨率溶解曲线分型技术是一种更优秀的SNP分型方法。通过分析基因组中SNP密度和多个基因位的haplotype，结合系统发生学分析结果，明确了甜橙、克里迈丁和椪柑的起源和基因组构成 1）克里曼丁与甜橙之间在每个位点均至少共有一个haplotype，证明克里曼丁是甜橙的后代。克里迈丁中非甜橙haplotype来自橘。通过在50个宽皮柑橘品种中对橘亲本的特征haplotype进行SNP分型筛选，确定该亲本是地中海橘。 2）分析359个基因位点上甜橙、克里曼丁、椪柑、酸橙、葡萄柚的两个等位基因的haplotype，得出甜橙基因组内橘柚杂合位点与橘橘杂合位点的数量比大约为31，拒绝前人提出的关于甜橙起源橘柚杂种说、橘柚杂种与橘回交说的假说, 提出甜橙的起源为[（柚X橘）X柚]X橘。 3）椪柑特征SNP代表的haplotype和系统发生结果显示17.8%的椪柑基因位点上含有一个柚子等位基因，表明椪柑并非是一个典型的宽皮柑橘，它的起源包含至少一次橘柚杂交后与宽皮柑橘多次回交事件。以柚子为材料，研究利用SNP建立柚子品种的DNA条码。筛选9个不同连锁群上的31个SNP，用HRM技术对264个柚子材料进行了SNP分析分析，发现了181种不同的基因型。甄别了同物异名和异物同名现象。统计学分析显示，特征SNP的组合完全可以对柚子品种进行区分，适合作柚子品种的DNA条码。利用SNP对红橘和少核莫科特的杂种进行了杂种苗的区分研究。测序分析双亲的CHX基因片段序列，获得父纯、母纯SNP位点，根据HRM特征曲线成功地在杂交群体中鉴别出杂交苗。培养毕业硕士3名，在读硕士2名。完成论文6篇，其中重要的论文3篇。