在常规分类学研究的基础上,从酵母菌各主要类群中,选择地理分布广泛的代表种,通过基因突变检测技术和序列测定相结合,对来自不同地域、不同基物和不同生态环境的同一种的大量菌株进行rDNA多变区(ITS区和LSU rDNA的D1/D2区)、非编码区IGS、线粒体rRNA基因以及功能蛋白等基因的碱基序列进行比较分析,对其种内保守性和变异幅度做出评价,并揭示其变异的方式和规律,为确定和选择适合于不同分类等级的分子系统学分析的基因标记提供充分和严格的实验依据。在rRNA等基因序列分析的基础上,选取亲缘关系远近不同的种,通过脉冲电泳分子核型分析,研究种内菌株间染色体组成的稳定性和变异幅度,并通过DNA杂交技术,用染色体位点或基因特异性探针,研究染色体变异产生的原因;比较种间染色体组成差异,探讨种间染色体和基因序列差异的对应关系,以及染色体变异在物种分化和形成过程中的作用和意义。
建立了rDNA单链构象多态性(Single-Strand Conformation Polymorphism, SSCP)分析技术,可将在ITS或D1/D2区具有小至一个碱基差异的菌株快速识别出来。从酵母菌各主要类群中,选择地理分布广泛的代表种,通过SSCP分析和序列测定相结合,对同一种不同来源的大量菌株进行了rDNA多变区(ITS区和D1/D2区)序列分析,评估了其种内变异幅度和种间差异程度,掌握了其在不同酵母菌类群中的变异规律。对代表性酵母菌类群进行了包括rRNA基因(18S, ITS, 26S D1/D2区)、核蛋白基因(EF-1α, Actin和RPB2)以及线粒体基因(MssrDNA, COX II和cytochrome b)等多基因序列分析,通过基因谱系相合性分析,澄清了一些类群的演化关系,为这些酵母菌分类系统的调整奠定了基础。发现酵母菌中存在明确的个体基因组内rDNA序列多态性,共存于同一酵母菌细胞内不同类型的ITS序列差异可达20%。通过脉冲电泳核型分析,测定了代表种内菌株的染色体条数,每条染色体DNA大小及整个基因组的大小的种内稳定性和变异性。