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考虑可变剪接形式的家猪基因芯片初探
  • 项目名称:考虑可变剪接形式的家猪基因芯片初探
  • 项目类别:青年科学基金项目
  • 批准号:30300068
  • 申请代码:C050202
  • 项目来源:国家自然科学基金
  • 研究期限:2004-01-01-2006-12-31
  • 项目负责人:周雁
  • 负责人职称:工程师
  • 依托单位:复旦大学
  • 批准年度:2003
中文摘要:

基因的可变剪接增加了基因产物的多样性,相对于植物,高等动物的基因发生可变剪接的频率非常高,因此在研究动物基因的功能和表达时有必要考虑可变剪接因素。基因芯片技术已广泛应用于基因功能及表达的研究中,如果引入可变剪接因素,可使基因芯片研究的结果更加准确和完整。本项目将通过对74万家猪EST序列的分析,预测具有可变剪接形式的家猪基因,从中选择部分基因,针对每个不同的剪接形式设计特异性探针,用于基因芯片研究

结论摘要:

基因的可变剪接增加了基因产物的多样性,相对于植物,哺乳动物的基因发生可变剪接的频率非常高,因此在研究动物基因的功能和表达时有必要考虑可变剪接因素。基因芯片技术已广泛应用于基因功能及表达的研究中,如果引入可变剪接因素,可使基因芯片研究的结果更加准确和完整。本项目通过对712,905家猪EST序列的分析,得到16,540个基因,其中1,223个基因可能具有平均2.8种不同的剪接形式。从中选择22个基因,针对54个不同的外显子共设计了54个长度50bp的特异性探针,制作了基因芯片。通过与家猪肝脏和肾脏组织的杂交试验,发现其中7个基因的不同外显子的杂交信号有显著差异。本项目验证了考虑可变剪接后,由基因芯片技术得到的基因表达谱结果可能有较大变化,从而为改进基因芯片技术提供了新的思路和理论、实践方面的依据。


成果综合统计
成果类型
数量
  • 期刊论文
  • 会议论文
  • 专利
  • 获奖
  • 著作
  • 2
  • 0
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