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铁皮石斛甘露糖结合凝聚素的分子建模与对接研究
  • ISSN号:1672-5565
  • 期刊名称:生物信息学
  • 时间:2013.12.12
  • 页码:243-249
  • 分类:R978.16[医药卫生—药品;医药卫生—药学]
  • 作者机构:[1]西南交通大学生命科学与工程学院,成都610031
  • 相关基金:国家自然科学基金(31271302)资助项目.
  • 相关项目:NAC家族转录因子对铁皮石斛原球茎发生的分子机理研究
作者: 王万军|
中文摘要:

本文通过序列分析获得了铁皮石斛甘露糖结合凝聚素(Dendrobium officinale mannose-binding lectin, DOL)成熟肽和甘露糖结合位点(50-58AA,81-89AA,116-124AA)。通过同源建模建立了DOL三维结构模型,DOL呈中空的三棱柱结构,三棱柱的三个侧面主要由B折叠构成,三个侧面各有一个甘露糖结合部位。甘露糖与DOL的分子对接和动力学分析表明,结合位点50-58AA和81-89AA对甘露糖的结合要强于116—124AA,在与甘露糖结合的过程中发挥关键作用的氨基酸残基为Gln81,Asp83,Ash85和Tyr89。研究结果有助于进一步开展凝集素抗病机理及凝集素相关药物研究。

英文摘要:

The maturation peptide and mannose-binding site ( 50-58AA, 81-89AA, 116-124AA) of the mannosebinding lectin from Dendrobium officinale (DOL) were identified by sequence analysis. The 3D structure of DOL constructed by homology modeling shaped a fistular triangular prism. Three flanks of the prism mainly composed of [3-sheets and each flank had a mannose-binding domain. According the docking and dynamics simulation, the bindings of mannose-binding domains (50-58AA and 81-89AA) to mannose were more stable than that of 116- 124AA. The key residues for binding mannose were Gln81, Asp83, Ash85 and Tyr89. Our results can help further study on disease resistance and medicine of lectins.

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期刊信息
  • 《生物信息学》
  • 主管单位:中华人民共和国工业和信息化部
  • 主办单位:哈尔滨工业大学
  • 主编:任南琪
  • 地址:哈尔滨市南岗区西大直街92号136信箱
  • 邮编:150001
  • 邮箱:swxxx@hit.edu.cn
  • 电话:0451-86414260
  • 国际标准刊号:ISSN:1672-5565
  • 国内统一刊号:ISSN:23-1513/Q
  • 邮发代号:14-14
  • 获奖情况:
  • 国内外数据库收录:
  • 被引量:1292