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小鼠Oct-1基因CDS区克隆与生物信息学分析
  • ISSN号:1671-7236
  • 期刊名称:《中国畜牧兽医》
  • 时间:0
  • 分类:Q785[生物学—分子生物学]
  • 作者机构:[1]山西农业大学动物科技学院,太谷030801, [2]山西医科大学基础医学院,太原030001
  • 相关基金:国家高科技研究发展计划(2013AA102506); 公益性行业(农业)科研专项(201303119); 山西农业大学创新团队
中文摘要:

为研究小鼠Oct-1基因的生物学特性,试验扩增小鼠黑色素细胞中Oct-1基因CDS区序列,并运用生物信息学软件分析小鼠Oct-1基因序列的特性、编码蛋白理化性质、亚细胞定位、靶基因及保守性结构域等,从而预测其是否调控黑色素的生成。结果表明,小鼠Oct-1基因大小为2 313bp,编码蛋白质的分子式C3425H5606N976O1163S15,是一个不稳定可溶性蛋白质,二级结构以无规卷曲和α-螺旋为主,亚细胞定位主要分布在细胞核,推测其可能在能量代谢和辅因子的生物合成过程中发挥信号转导和转录因子调控的作用;Oct-1基因在小鼠黑色素细胞中表达,其编码的蛋白含有一个保守的POU结构域和一个保守的同源域,参与调控13个黑色素形成相关基因转录表达,在黑色素生成关键基因MITF、TYR、TYRP1、TYRP2的启动子上存在Oct-1转录因子的作用位点,Oct-1蛋白质还可能与Brf2、Pou2af1、Tbp等蛋白相互作用调控毛色基因表达,故可以推测转录因子Oct-1在黑素细胞的黑色素生成中发挥着重要的作用,为研究毛色形成机制提理论依据。

英文摘要:

In order to explore the biological characteristics of Oct-1gene in mouse,CDS region of Oct-1gene in mouse was cloned.And the sequence,physicochemical property,subcellular localization,target genes and conservative structure domain of Oct-1gene were analyzed by bioinformatics method to predict whether the Oct-1gene could regulate the production of melanin.The results showed that the length of Oct-1gene in mouse was 2 313 bp.The formula of Oct-1protein was C(3425)H(5606)N(976)O(1163)S(15),which was an unstable and soluble protein.The secondary structure of Oct-1mainly contained random coil andα-helices.Subcellular localization of Oct-1 was mainly in the nucleus,which Oct-1might play a role of signal transducer or transcription regulation in the energy metabolism and cofactor biosynthesis.The Oct-1gene regulated the expression of 13 genes associated with the melanin formation of mouse.The protein was encoded by Oct-1gene including a homeo-domain and a POU domain.There were binding sites of Oct-1on the promoters of MITF,TYR,TYRP1 and TYRP2.Oct-1 might interact with Brf2,Pou2af1 and Tbp to regulate the colour gene expression.We inferred that the transcription factor Oct-1played an important role in melanogenesis and these results provided a theoretical basis for studying the coat colour formation mechanism.

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期刊信息
  • 《中国畜牧兽医》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中华人民共和国农业部
  • 主办单位:中国农业科学院北京畜牧兽医研究所
  • 主编:李琍
  • 地址:中国农业科学院北京畜牧兽医研究所
  • 邮编:100193
  • 邮箱:zgxmsy@caas.cn
  • 电话:010-62816020 62811226 62810371
  • 国际标准刊号:ISSN:1671-7236
  • 国内统一刊号:ISSN:11-4843/S
  • 邮发代号:2-215
  • 获奖情况:
  • 1996年被农业部评为“95中国出版成就展”参展期刊...,1998年在首届全国畜牧兽医优秀科技期刊评比中总分...,2002年被中国期刊协会农业期刊分会和中国农学会评...
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版)
  • 被引量:22619