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基于密度聚类和社区探测的蛋白质相互作用热区的预测方法
  • ISSN号:1000-6737
  • 期刊名称:《生物物理学报》
  • 时间:0
  • 分类:Q816[生物学—生物工程]
  • 作者机构:[1]武汉科技大学计算机科学与技术学院,智能信息处理与实时工业系统湖北省重点实验室,武汉430065
  • 相关基金:国家自然科学基金项目(61273225); 生物电子学国家重点实验室2010年度开放课题(2010D11)
中文摘要:

在蛋白质相互作用基础上,热点残基有聚集在一起形成模块的倾向,这样的模块被定义为热区。热区对揭示生物体的生命活动起着重要的作用,因此,如何有效而精确地对热区进行预测,是一个重要的研究方向。作者结合热区空间密度普遍大于非热区空间密度的特性,先采用聚类算法得到簇集,而后利用相关计算模型得到的结合自由能值过滤掉簇中非热点残基及某些不符合条件的簇。最后,使用社区探测技术处理过滤后的簇集,从而得到最终的预测热区。实验结果显示该热区预测方法具有较好的预测效果。

英文摘要:

On the basis of protein-protein interaction, hot spots tend to get together to form modules, so these modules are defined as hot regions. Hot region plays an important role in revealing the life activities of organisms. Therefore, how to predict hot regions effectively and accurately is a vital research direction. According to the feature that the spatial density of hot regions is denser than that of non-hot regions, the authors used clustering algorithm to get clusters firstly. Then, they utilized the binding free energy calculated by related calculation model to filter out some non-hotspots in clusters and unqualified clusters. Finally, they applied community detection knowledge to the optimized clusters to get the final hot regions. The experimental results show that this method of predicting hot regions has an good effect.

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期刊信息
  • 《生物物理学报》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:中国科协
  • 主办单位:中国生物物理学会
  • 主编:沈恂
  • 地址:北京朝阳区大屯路15号生物物理研究所内
  • 邮编:100101
  • 邮箱:acta@sun5.ibp.ac.cn
  • 电话:010-64888458
  • 国际标准刊号:ISSN:1000-6737
  • 国内统一刊号:ISSN:11-1992/Q
  • 邮发代号:
  • 获奖情况:
  • 二次获得中国科协优秀科技期刊奖
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:7189