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肾素与抑制性地肤子皂苷相互作用的分子机制
  • ISSN号:1002-6630
  • 期刊名称:《食品科学》
  • 时间:0
  • 分类:TS201.1[轻工技术与工程—食品科学;轻工技术与工程—食品科学与工程]
  • 作者机构:[1]江南大学食品科学与技术国家重点实验室,江苏无锡214122, [2]江南大学生物工程学院,江苏无锡214122, [3]佐治亚大学食品科学与技术系,美国佐治亚格里芬30223
  • 相关基金:国家自然科学基金青年科学基金项目(31201289);国家留学基金资助项目(201506795033);食品科学与技术国家重点实验室自由探索项目(SKLF-ZZB-201605)
中文摘要:

地肤子中的木鳖子皂苷Ic和2’-O-β-D-吡喃葡萄糖木鳖子皂苷Ic有较强抑制肾素体外活性的功能。分子对接证实两皂苷与肾素结合较好,分别形成9个和4个氢键,氨基酸Ser230与Tyr231是氢键作用的关键残基,而Ala229、Met303、His301、Asp38、Arg82、Tyr83与Ile137则对疏水结合起重要作用。分子动力学模拟约1000ps后,两复合物平衡,均方根偏差分别为0.224nm和0.219nm,两皂苷降低了肾素链开始约160个氨基酸的均方根波动。分子力学泊松-波尔兹曼表面积法获得的结合自由能分别为-44.36kcal/mol与-62.46kcal/mol,其中主要驱动力是静电和范德华作用,而极性溶剂化能则强烈阻碍结合。3种方法综合揭示了两种地肤子皂苷抑制肾素的分子机制。

英文摘要:

Two saponins from Kochia scoparia fruit,momordin Ic and2′-O-β-D-glucopyranosyl momordin Ic,were found to strongly inhibit in vitro renin activity,and three different methods were used to investigate their inhibitory mechanisms.Molecular docking showed that both saponins were bound well to renin to form9and4hydrogen bonds,respectively.Amino acid residues Ser230and Tyr231were important for hydrogen bonds and residues Ala229,Met303,His301,Asp38,Arg82,Tyr83and Ile137functioned by hydrophobic interactions with both saponins.Molecular dynamics of the two complexes reached equilibration after about1000ps simulation with average root-mean-square deviations of0.224and0.219nm,respectively.The two saponins also reduced the root-mean-square fluctuation of160amino acids in renin.The molecular mechanics Poisson-Boltzmann surface area(MM-PBSA)method yielded?44.36and?62.46kcal/mol total binding energy for the two complexes respectively,which were primarily contributed by electrostatic and Van der Waals interaction energies,and the binding was strongly unfavored by polar solvation energy.These results elucidated the molecular mechanisms of interaction between renin and two saponin inhibitors.

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期刊信息
  • 《食品科学》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:中国商业联合会
  • 主办单位:北京市食品研究所
  • 主编:孙勇
  • 地址:北京西城区禄长街头条4号
  • 邮编:100050
  • 邮箱:foodsci@126.com
  • 电话:010-83155446-8006
  • 国际标准刊号:ISSN:1002-6630
  • 国内统一刊号:ISSN:11-2206/TS
  • 邮发代号:2-439
  • 获奖情况:
  • 国家“双效”期刊,1986年原商业部重大成果三等奖,1997年国内贸易部优秀科技期刊三等奖,第三届中国出版政府奖提名奖,第三届中国出版政府奖提名奖
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),美国工程索引,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),英国英国皇家化学学会文摘,英国食品科技文摘,中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:115579