以新疆维吾尔自治区的物流业"营改增"政策实施后实际的数据为例,分析了物流行业在营业税改征增值税过程中出现的税收问题,从不同纳税人的角度举例讨论,探讨了物流企业出现的税负增加,税收管理困难等问题,解释了形成这一现象的原因,并据此提出了扩大进项抵扣范围、进行税率变动测试,统一并降低税率、扩大财政补贴和税收优惠、对物流业纳税人实施相关培训,提高对发票会计核算等税务管理水平的相关政策建议。