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Chronology and pattern of integration of tandem genomic islands associated with the tmRNA gene in Escherichia coli and Salmonella enterica
  • ISSN号:1000-3282
  • 期刊名称:《生物化学与生物物理进展》
  • 时间:0
  • 分类:Q78[生物学—分子生物学] Q522[生物学—生物化学]
  • 作者机构:[1]State Key Laboratory of Microbial Metabolism, School of Life Sciences and Biotechnology, Shanghai Jiao Tong University, Shanghai 200240, China, [2]College of Life and Environmental Sciences, Shanghai Normal University, Shanghai 200234, China
  • 相关基金:This work was supported by the National Natural Science Foundation of China (30821005 and 30870075), the National Basic Research Program of China (2009CB118906), and the Shanghai Leading Academic Discipline Project (B203).
中文摘要:

tmRNA, tRNA 相关的碎片的联合和小 mRNA 碎裂,作为 genomic 岛(GIs ) 的集成地点被证实。用顺序排列和比较 genomics,与 tmRNA 基因联系的 68 GIs 在 Enterobacteriaceae 的 13 个类之中被识别。在他们之中, 53 GIs 在 Escherichia coli 和沙门氏菌 enterica 被发现。在这 53 GIs 之中,双人脚踏车 GIs 在八 S 被验证。enterica 和二 E。coli 染色体。在大多数 E 的 tmRNA 基因的下游的区域。coli 和 S。enterica 染色体包括官方补给的或双人脚踏车 GIs 区域和对 tmRNA 远侧的一个残余变量区域。进染色体的双人脚踏车 GIs 的集成的年表更远非显示了那 GIs tmRNA 从 tmRNA 更近比那些早被合并到染色体。tmRNA 的 integrases 联系基因的 GIs 能进一步被分成三种子类型:HP1 integrases, PhiCTX integrases,和 P4 integrases,它最占优势。GIs 是第一集成于由 P4 integrase 的染色体,随后由 PhiCTX integrase,并且最后由 HP1 integrase。因此, tmRNA 基因是为调查双人脚踏车 GIs 的遗传和进化的一个重要地点。

英文摘要:

tmRNA, a combination of a tRNA-related fragment and a small mRNA fragment, was confirmed as the integration site of genomic islands (GIs). Using sequence alignment and comparative genomics, 68 GIs associated with tmRNA genes were identified among 13 genera of Enterobacteriaceae. Among them, 53 GIs were found in Escherichia coli and Salmonella enterica. Among these 53 GIs, tandem GIs were verified in eight S. enterica and two E. coli chromosomes. The downstream regions of the tmRNA genes in most of the E. coli and S. enterica chromosomes include one GI or tandem GIs region and a remnant variable region distal to the tmRNA. The chronology of integration of tandem GIs into the genome indicated that GIs farther from the tmRNA were incorporated into the genome earlier than those nearer from the tmRNA. The integrases of the tmRNA gene-associated GIs can be further categorized into three subtypes: HP1 integrases, PhiCTX integrases, and P4 integrases, which are the most predominant. The GIs were first integrated into the chromosome by the P4 integrase, subsequently by the PhiCTX integrase, and finally by the HP1 integrase. Thus, the tmRNA gene is an important site for investigating the genetics and evolution of tandem GIs.

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期刊信息
  • 《生物化学与生物物理进展》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中国科学院
  • 主办单位:中国科学院生物物理研究所 中国生物物理学会
  • 主编:王大成
  • 地址:北京市朝阳区大屯路15号
  • 邮编:100101
  • 邮箱:prog@sun5.ibp.ac.cn
  • 电话:010-64888459
  • 国际标准刊号:ISSN:1000-3282
  • 国内统一刊号:ISSN:11-2161/Q
  • 邮发代号:2-816
  • 获奖情况:
  • 1999年中国期刊奖提名奖,2000年中国科学院优秀期刊特别奖
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),荷兰文摘与引文数据库,美国剑桥科学文摘,美国科学引文索引(扩展库),美国生物科学数据库,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:18821