水权市场的运行机制包括供求机制、价格机制和竞争机制。在水权市场上,供求连接着政府及各用水主体,其变动决定着用水主体的用水行为。价格机制是作为反馈机制而存在的,它在水权市场中发挥着反馈信息的职能,对水资源的供给者和需求者的决策、对水资源的配置起着至关重要的作用,是重要的引导机制。竞争机制主要表现为水权供给者之间、水权购买者之间、水权供给者和购买者之间的竞争。水权市场在这三种市场机制的交互作用下,形成水权市场的均衡,在这种均衡状态下,水资源得以充分的利用,配置效率达到最优。