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最大子空间共调控基因聚类
  • ISSN号：1000-1239
  • 期刊名称：《计算机研究与发展》
  • 时间：0
  • 分类：TP311.13[自动化与计算机技术—计算机软件与理论;自动化与计算机技术—计算机科学与技术]
  • 作者机构：[1]东北大学信息科学与工程学院,沈阳,110004 东北大学信息科学与工程学院,沈阳,110004 东北大学信息科学与工程学院,沈阳,110004 东北大学信息科学与工程学院,沈阳,110004 东北大学信息科学与工程学院,沈阳,110004
  • 相关基金：国家自然科学基金项目(60573089,60273079,60473074)
作者： 赵宇海[1], 印莹[1], 王国仁[1], 许光宇[1], 王之琼[1]
关键词： 微阵列数据, 共调控, 聚类, 编码
中文摘要：

提出了一种编码方案,同时聚类正共调控基因和负共调控基因.基于这种编码方式,两个正共调控或负共调控的基因都具有相同的编码,因此被聚集到同一个共调控基因类中.进一步提出了一个基于这种编码方案进行最大子空间共调控基因聚类的新算法及一些新的相关削减策略.一个最大子空间共调控基因聚类聚集了某个条件序列上的一组共调控基因,而且不被其他的子空间共调控基因聚类包含.从多方面分析了该算法的性能,并将其用于白血病和酵母细胞的真实表达数据集及人造数据集聚类.理论分析和实验结果都表明,相对于已有的基于模式/趋势的聚类算法,该算法能发现更多具有生物意义的共调控基因聚类,并且性能优于目前的共调控基因聚类算法.

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期刊信息
  • 《计算机研究与发展》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中国科学院
  • 主办单位:中国科学院计算技术研究所
  • 主编：徐志伟
  • 地址：北京市科学院南路6号中科院计算所
  • 邮编：100190
  • 邮箱：crad@ict.ac.cn
  • 电话：010-62620696 62600350
  • 国际标准刊号：ISSN：1000-1239
  • 国内统一刊号：ISSN：11-1777/TP
  • 邮发代号:2-654
  • 获奖情况:
  • 2001-2007百种中国杰出学术期刊，2008中国精品科...,中国期刊方阵“双效”期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,荷兰文摘与引文数据库,美国工程索引,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊（2004版）,中国北大核心期刊（2008版）,中国北大核心期刊（2011版）,中国北大核心期刊（2014版）,中国北大核心期刊（2000版）
  • 被引量:40349