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小分子靶标的核酸适配体筛选的研究进展
  • ISSN号:1000-8713
  • 期刊名称:《色谱》
  • 时间:0
  • 分类:O658[理学—分析化学;理学—化学]
  • 作者机构:[1]北京理工大学生命学院,北京100081, [2]北京市理化分析测试中心,有机材料检测技术与质鼍评价北京市重点实验室,北京100089, [3]中国农业科学院饲料研究所,北京100081
  • 相关基金:国家自然科学基金项目(21175011;21375008); 北京市科学技术研究院青年骨干计划项目; “十二五”农村领域国家科技计划课题(2011BAD26B040406)~~
中文摘要:

核酸适配体(aptamer)是通过指数富集配体系统进化(SELEX)技术筛选得到的核糖核酸(RNA)或单链脱氧核糖核酸(ssDNA)。核酸适配体通过高亲和力特异性地识别小分子、蛋白质、细胞、微生物等多种靶标,在生物、医药、食品和环境检测等领域的应用日渐增多。但目前实际可用的核酸适配体有限,其筛选过程复杂,筛选难度大,制约了其应用。与生物大分子、细胞和微生物等靶标不同,小分子靶标与核酸分子的结合位点少、亲和力弱,且靶标通常需要固定在载体上。此外,小分子靶标结合核酸形成的复合物与核酸自身的大小、质量、电荷性质等方面差异较小,二者的分离难度大。故小分子靶标的核酸适配体筛选过程与大分子和细胞等复合靶标相比有明显差异,筛选难度更大。因此需要根据其自身结构特点和核酸适配体的应用目的选定靶标或核酸库的固定方法,优化靶标核酸复合物的分离方法。本文介绍了不同类型小分子(具有基团差异的单分子、含相同基团分子和手性分子等)靶标的选择及其核酸适配体的筛选方法,并对核酸库的设计、与靶标结合的核酸的分离方法和亲和作用表征方法进行了介绍,列出了自2008年以来报道的40余种小分子靶标的核酸适配体序列和复合物的平衡解离常数(K_d)。

英文摘要:

Aptamers are ribonucleic acid(RNA) or single-stranded deoxyribonucleic acid(ssDNA)selected by systematic evolution of ligands by exponential enrichment(SELEX).Aptamers can identify small molecules,proteins,cells,microorganisms and other targets with high affinity and specificity,and have been widely applied in biology,medicine,food and environmental monitoring. However,available aptamers of practical use are limited. The complex and difficult screening of aptamers are the key to restrict its wide application. Differing from biomacromolecules,cells and microorganisms,small molecules have less binding sites and weaker affinity with nucleic acids. And they usually need to be immobilized on substrates.In addition,due to the tiny differences of size,weight and charge of the target-ssDNA / RNA complex and ssDNA / RNA,their separation is difficult. Therefore,the aptamer selection of small molecules is more difficult than biomacromolecules or cells. The selection of methods for immobilizing the targets or library and the optimization of separation process proceed mainlybased on the structure characteristics and applications of aptamers. In this paper,the screening methods for molecules with different groups,molecules containing the same group and chiral molecules are introduced. Also,the library design,the methods for separating targets-ssDNA complex and characterizing affinity interaction are discussed. The sequences and dissociation constants(K_d)of about 40 aptamers reported since 2008 are listed.

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期刊信息
  • 《色谱》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:中国科学技术协会
  • 主办单位:中国化学会 中国科学院大连化学物理研究所
  • 主编:张玉奎
  • 地址:大连市中山路457号
  • 邮编:116023
  • 邮箱:sepu@dicp.ac.cn
  • 电话:0411-84379021
  • 国际标准刊号:ISSN:1000-8713
  • 国内统一刊号:ISSN:21-1185/O6
  • 邮发代号:8-43
  • 获奖情况:
  • 1998年获中国科学院科学出版基金择优支持(1998-2...,2001年获第四届中国科学院优秀期刊二等奖,2002年获第三届中国科协优秀期刊三等奖,连续多年被评为辽宁省一级期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),波兰哥白尼索引,荷兰文摘与引文数据库,美国生物医学检索系统,美国剑桥科学文摘,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),英国英国皇家化学学会文摘,中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:26730