共抑制分子如CTLA-4,PD-1和BTLA负向调节免疫应答。多项研究表明共抑制分子缺失和突变导致鼠和人自身免疫性疾病发生,表明来自共抑制分子的下调信号对于防治自身免疫起关键作用。一些情况下,在自身免疫性疾病中诱饵共抑制性受体(如CTLA-4 Ig)或抗共抑制分子的单克隆抗体会抑制自身反应性T细胞的功能。因此,对于一些未知的自身抗原所引起的自身免疫性疾病,共抑制信号调节是一个诱导产生耐受的有吸引力的途径。特别是,CTLA-4 Ig在动物自身免疫性疾病模型中已经表现出非常明确的效果,在一些人自身免疫性疾病临床研究中也得到越来越多的关注。