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苏云金杆菌Ⅰ型抗癌晶体蛋白的分子模建
  • ISSN号:1000-5013
  • 期刊名称:《华侨大学学报:自然科学版》
  • 时间:0
  • 分类:Q811.4[生物学—生物工程] Q71[生物学—分子生物学]
  • 作者机构:[1]华侨大学化工学院,福建泉州362021
  • 相关基金:国家自然科学基金资助项目(40601046);细胞生物学与肿瘤细胞工程教育部重点实验室开放基金资助项目(B0510011)
中文摘要:

通过同源建模,得到Ⅰ型抗癌晶体蛋白Parasporin-1的初始三维结构.经分子动力学方法优化后,利用Ramachandran Plot检测和结构匹配等方法对模型进行评价.结果显示,结构模型中的键长、键角及二面角的分布合理,与模板蛋白的主链a碳原子的均方根差值为0.537592,在合理范围之内.此外,通过分析Parasporin-1结构域I中的β-loop-β结构片段,推测出第2个蛋白酶处理激活位点的位置在两个芳香族疏水性氨基酸F167与Y168之间.

英文摘要:

The structure of Parasporin-1, the first cancer cell-killing crystal protein from Bacillus thuringiensis, was constructed using homology modeling, and was optimized by molecular mechanics method. The simulated structure was evaluated using Ramachandran Plot and structural matching. The distributions of bond length, bond angel, and dihedral angle were rational. The RMSD (root-mean-square deviation) value of a-carbon atom on the main chain between Parasporin-1 and model protein was 0. 537 592, which was within reasonable bounds. The analysis of β-loop-β motif in Domain I suggest that the second site digested by proteinase K were located between F167 and Y168.

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期刊信息
  • 《华侨大学学报:自然科学版》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:福建省教育厅
  • 主办单位:华侨大学
  • 主编:
  • 地址:中国福建泉州华侨大学校内杨思椿科学馆五楼
  • 邮编:362021
  • 邮箱:journal@hqu.edu.cn
  • 电话:0595-22692545
  • 国际标准刊号:ISSN:1000-5013
  • 国内统一刊号:ISSN:35-1079/N
  • 邮发代号:34-41
  • 获奖情况:
  • 1995年11月,获教育部科技司颁发的“全国优秀高校...,1997年3月,获中宣部、国家教委、新闻出版署颁发...,1999年7月,获教育部颁发的“全国优秀高校自然科...,中国期刊方阵“双效”期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),美国数学评论(网络版),波兰哥白尼索引,德国数学文摘,荷兰文摘与引文数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版)
  • 被引量:5573