花生栽培种间由于缺乏有效的DNA标记而导致其遗传图谱构建、基因定位以及分子育种存在很大的局限性,开发有效的DNA标记是国际花生基因组计划的重要内容之一。单核苷酸多态性(SNP)由于分布广、检测效率高而成为近年来动植物分子育种研究的热点。本项目拟在前期大规模EST测序的基础上,通过比对拼接,提取符合SNP开发条件的候选EST簇,利用QualitySNP软件开发花生EST-SNP,并采用DNA扩增片段直接测序方法对候选SNP位点进行重测序验证,同时通过功能注释和统计分析,明确SNP在EST中的分布特征。最后利用SQL软件建立花生SNP数据库,并将SNP数据提交到GenBank。本项目的开展,将极大丰富花生栽培种分子标记的数量,为下一步进行高密度花生遗传图谱构建、基因定位、关联分析等研究打下基础。
本项目在前期大规模花生EST测序的基础上,通过对18个花生品种的296730条EST序列进行比对、拼接,共获得53489个EST簇,利用SNP开发软件QualitySNP从中发现3342个SNP位点。为验证EST-SNP的可信度,随机挑选100个含SNP位点EST簇,采用PCR对其进行重测序,结果发现多数EST-SNP来自A和B基因组间,少数来自基因组内。随后,对本项目开发的花生EST-SNP数据进行整理,利用SQL软件建立花生栽培种EST-SNP数据库。本项目极大丰富花生栽培种分子标记的数量,为下一步进行高密度花生遗传图谱构建、基因定位、关联分析等研究打下基础。