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茎瘤芥酸性核糖体蛋白P1基因的克隆与序列分析
  • ISSN号:1004-874X
  • 期刊名称:《广东农业科学》
  • 时间:0
  • 分类:Q789[生物学—分子生物学]
  • 作者机构:[1]重庆邮电大学生物信息学院,重庆400065
  • 相关基金:国家自然科学基金(31071461,30771311);重庆市科技攻关项目(CSTC2011AB1095);重庆市自然科学基金(CSTC2011jA80037,CSTC2009BA1088)
中文摘要:

以茎瘤芥幼苗叶片总RNA为模板,通过SMARTRACE技术进行反转录和PCR扩增.克隆到瘤芥酸性核糖体蛋白P1基因(命名为BjARPPl,GenBank登录号:JX282179),并利用ProtParam、DNAMAN等生物信息学工具对其核酸序列和蛋白序列进行分析。结果表明,茎瘤芥酸性核糖体蛋白PI基因开放阅读框为342bp。编码113个氨基酸。等电点为4.27,相对分子质量为11.25ku;二级结构预测显示α-螺旋占53.98%、不规则卷曲占33.68%、延伸链占12139%,还含有5个磷酸化位点:同源进化树预测分析其与拟南芥的同源性为96%,与其他物种同源性低。茎瘤芥酸性核糖体蛋白P1基因为首次克隆,为进一步研究该基因的结构、功能、遗传变异规律以及其与生产性能的关系提供科学依据。

英文摘要:

Total RNA from Brassicajuncea's leaf blades were used as the template to clone the cDNA sequence of acidic ribosomal protein P1 gene (named BjARPP1, GenBank NO :JX282179)by SMART RACE technology and PCR. Then, bioinformatics softwares were used to analysis the nucleic acid sequence and the protein sequence.The results showed that the largest open reading frame of BjARPP1 had 342 bp in length and encoded a polypeptide of 113 amino acid residues. The estimated molecular weight and isoelectric point of the putative protein were 11.25 ku and 4.27, respectively. The predicted secondary structure showed that the protein contained 5 phosphorylation sites and had about 52.98% alpha helixes, 33.687% random coil and 12.29% extended strand. Its homology with Arobidopsis was as high as 96%, but the homology with other plants was low. The acidic ribosomal protein P1 gene of Brassicajuncea was cloned for the first time, which could provide scientific evidence for the study on its structure, functioning and genetic variations and its relationship with production performance.

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期刊信息
  • 《广东农业科学》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:广东省农业科学院
  • 主办单位:广东省农业科学院 华南农业大学
  • 主编:
  • 地址:广州市天河区金颖路31号五山广东省农科院农经所
  • 邮编:510640
  • 邮箱:gdnykx@vip.163.com
  • 电话:020-38319948 38319941 38319942 38319946
  • 国际标准刊号:ISSN:1004-874X
  • 国内统一刊号:ISSN:44-1267/S
  • 邮发代号:
  • 获奖情况:
  • 广东省第二、第三届优秀科技期刊,广东省首届十佳期刊,中国期刊方阵“双效”期刊,第四届全国农业优秀期刊一等奖,第五届全车优秀农业期刊鑫犁奖一等奖,首届全国CAD规范一等奖
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),英国动物学记录,中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版)
  • 被引量:33995