政府绩效评估不同主体间的利益偏好是不同和非均衡的,评估主体都是站在符合自身利益的立场来衡量政府的绩效水平的。政府绩效评估不同主体间的这种不同利益预期以及伴随的认知缺陷会影响政府绩效评估结果的科学性。为了保证政府绩效评估结果的科学性,应该从培育政府绩效评估主体成熟的利益理性、健全政府绩效评估主体利益整合的制度、加强政府绩效评估主体的技能培训、搭建政府绩效评估主体利益整合的技术平台等方面整合主体之间的利益差异。