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基于Z曲线的新城疫病毒基因组生物信息分析
  • ISSN号:1672-5565
  • 期刊名称:生物信息学
  • 时间:0
  • 页码:30-33
  • 语言:中文
  • 分类:Q786[生物学—分子生物学]
  • 作者机构:[1]扬州大学农业部畜禽传染病学重点开放实验室,江苏扬州225009
  • 相关基金:基金项目:国家自然科学基金重点项目(30630048);江苏省高校自然科学基础研究计划面上项目(06KJB230136,07KJB230140);江苏省动物预防医学重点实验室开放课题(02734300302).
  • 相关项目:新城疫病毒跨种间感染与传播机制研究
中文摘要:

Z曲线是DNA序列信息的一种几何学表示形式。利用Z曲线坐标所对应的生物学含义,可以对DNA序列的生物信息进行系统分析。本文对40株自测序和从GenBank下载的新城疫病毒(NDV)全基因组序列,利用网络提供和自开发的Z曲线分析系统,对NDV生物信息进行了比较分析,构建了NDV全基因组的X、Y、Z分量沿序列的分布曲线和三维Z曲线,比较了不同基因型NDV基因组Z曲线的特征。结果显示,在NDV全基因组中A、G碱基或A、C碱基是占优势的,在基因组的前1/3序列中,G、C含量大于A、T的含量。不同基因型NDV全基因组的Z曲线(从ClassI到Classll的I-VIII型)有向Z轴靠拢的趋势。

英文摘要:

The Z curve is a geometrical tool available for visualizing and comparing genomes.Since the coordinates of the Z curve corresponding to special biological information,DNA sequences could be analyzed systematically.In the present investigation,40 complete genomes of Newcastle disease virus(NDV) were retrieved from GeneBank,including one isolate ZJ1 sequenced by our laboratory.With some free software available from the web and the Z curve analyze system developed ourselves,the 40 genomes of NDV were compared.We construct the distribution curve of independent component X,Y and Z axes,respectively,and the 3-dimensional Z curve of NDV genome.Different genotypes of NDV genome were also compared to study the characteristics of their Z curves.It was found that A and G/C made the predominant base composition of the NDV genome.In the first one third part of the genome,the content of G and C was more than the other two.Data also showed that the Z curves of different genotypes of NDV,from class I to class II(from I to VIII),have a tendency to get more and more close to the Z axis.

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期刊信息
  • 《生物信息学》
  • 主管单位:中华人民共和国工业和信息化部
  • 主办单位:哈尔滨工业大学
  • 主编:任南琪
  • 地址:哈尔滨市南岗区西大直街92号136信箱
  • 邮编:150001
  • 邮箱:swxxx@hit.edu.cn
  • 电话:0451-86414260
  • 国际标准刊号:ISSN:1672-5565
  • 国内统一刊号:ISSN:23-1513/Q
  • 邮发代号:14-14
  • 获奖情况:
  • 国内外数据库收录:
  • 被引量:1292