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40株新城疫病毒全基因组的比较研究
  • ISSN号:1671-4652
  • 期刊名称:扬州大学学报(农业与生命科学版)
  • 时间:0
  • 页码:1-5
  • 语言:中文
  • 分类:S511[农业科学—作物学] S852.659.5[农业科学—基础兽医学;农业科学—兽医学;农业科学—畜牧兽医]
  • 作者机构:[1]扬州大学农业部畜禽传染病学重点开放实验室,江苏扬州225009
  • 相关基金:国家自然科学基金重点资助项目(30630048);江苏省高校自然科学基础研究计划面上项目(06KJB230136,07KJB230140);江苏省动物预防医学重点实验室开放课题(02734300302)
  • 相关项目:新城疫病毒跨种间感染与传播机制研究
中文摘要:

利用作者单位测得的和从GenBank检索得到的40株新城疫病毒(NDV)全基因组序列,采用SMS、DNA Star等生物信息分析软件,比较分析NDV全基因组的基本特征和分子进化规律。结果表明:40株NDV全基因组核酸序列长度有3种:15186、15192、15198nt,均符合6倍数规律;基因组A+T含量占53%~54%,C+G含量占46%左右;NDV基因组前三分之一(4500nt前)序列存在高GC含量区,特别是在大约1200~2400nt区域,GC含量最高达到69%;F基因片段构建的分子进化树显示,40株NDV划分为两大类(ClassⅠ,ClassⅡ),基因组长度为15198nt的毒株属于ClassⅠ,其余的属于ClassⅡ;ClassⅡ毒株又分为基因Ⅰ~Ⅶ型,这些已测序的毒株中没有基因和型;病毒6个基因CDS序列构建的进化树显示,各基因进化基本保持一致,仅少数毒株存在差异,可能与病毒分子的基因重组有关。

英文摘要:

Forty complete genome sequences of Newcastle disease virus were obtained from GenBank or from our lab. The fundamental profiles and characteristics of molecular evolution were analyzed and compared through bioinformatics software programs-SMS and DNAStar. The results showed that all sequences presented three type of size in length, 15 186 nt, 15 192 nt, 15 198 nt, and all followed the rule of six. The AT content of genome was 53%-54%, whereas the GC content was around 46% respectively. The GC-rich was observed at the first one-third region of genome. Phylogenic analysis revealed that all sequences of NDV could be classified into two classes and seven known genotypes.

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期刊信息
  • 《扬州大学学报:农业与生命科学版》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:江苏省教育厅
  • 主办单位:扬州大学
  • 主编:焦新安
  • 地址:江苏省扬州市大学南路88号
  • 邮编:225009
  • 邮箱:
  • 电话:0514-87991323
  • 国际标准刊号:ISSN:1671-4652
  • 国内统一刊号:ISSN:32-1648/S
  • 邮发代号:28-9
  • 获奖情况:
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,波兰哥白尼索引,英国动物学记录,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版)
  • 被引量:5357