位置:成果数据库 > 期刊 > 期刊详情页
大豆基因组GmSRK及其同源基因的生物信息学分析
  • ISSN号:1000-9841
  • 期刊名称:大豆科学
  • 时间:2014.8.25
  • 页码:497-501
  • 分类:S565.1[农业科学—作物学]
  • 作者机构:东北农业大学农业生物功能基因重点实验室,黑龙江哈尔滨150030
  • 相关基金:转基因生物新品种培育重大专项(2011ZX08004-002);国家自然科学基金(31171578);黑龙江省高校科技创新团队建设计划(2011TD055);国家基础科学人才培养基金项目(J1210069)。
  • 相关项目:野生大豆耐盐碱关键基因克隆与功能分析
中文摘要:

MYB转录因子是植物中最大的转录因子家族之一,近年的研究表明其广泛参与多种生物学过程。MYB转录因子在其N端含有其特有的DNA结合基序(MYB-binding domain),能够与DNA分子大沟结合而调控基因表达。本研究通过生物信息学手段,在全基因组水平上筛选鉴定出了304个大豆MYB类转录因子,并对其进行了分类和保守结构域分析;通过与拟南芥的MYB基因进行系统发生分析,将304个大豆MYB转录因子分为了22个亚类;染色体定位分析表明大豆MYB转录因子在所有染色体上都有分布,部分染色体间的MYB蛋白序列高度相似,表明此类基因在进化上具有相同的来源;利用野生大豆盐、碱胁迫下转录组数据,分析MYB基因的表达模式,发现部分MYB转录因子能够响应盐、碱胁迫的诱导,且在盐、碱胁迫下具有不同的表达模式。

英文摘要:

Key Laboratory of Agricultural Biological Functional Genes, Northeast Agricultural University, Harbin 150030, ChinaAbstract: MYB transcription factor family is one of the largest families of transcription factors in plants.Recent research indicated MYB transcription factors participate in variety kinds of biological processes. MYB transcription factors have a unique DNA-binding domain in their N terminal, which can combine with DNA molecules and regulate the expression of downstream genes.In this study we conducted a genome-wide analysis to identify, classified 304 MYB transcription factors of soybean and analyzed their conserved domain.These MYB genes were classified into 22 subgroups by phylogenetic analysis. Chromosomal location analysis was conducted. Further analysis showed that part of the MYB genes among different chromosomal showed highly similarity. Transcriptome analysis of the MYB genes showed that most of them could response to salinity-alkalinity stress.

同期刊论文项目
同项目期刊论文
期刊信息
  • 《大豆科学》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:黑龙江农业科学院
  • 主办单位:黑龙江省农业科学院编辑出版中心
  • 主编:刘忠堂
  • 地址:哈尔滨市南岗区学府路368号
  • 邮编:150086
  • 邮箱:dadoukx@sina.com
  • 电话:0451-86668735
  • 国际标准刊号:ISSN:1000-9841
  • 国内统一刊号:ISSN:23-1227/S
  • 邮发代号:14-95
  • 获奖情况:
  • 1988年获黑龙江优秀期刊奖,1996年获黑龙江省科技情报二等奖
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:12334