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拟南芥中影响基因对胁迫响应模式的顺式元件的挖掘
  • ISSN号:1672-5565
  • 期刊名称:生物信息学
  • 时间:2011.9.1
  • 页码:314-317
  • 分类:Q943[生物学—植物学]
  • 作者机构:[1]东北农业大学植物生物工程研究室,哈尔滨150030
  • 相关基金:国家自然科学基金(30940005); 黑龙江省教育厅科技项目(11521024); 东北农业大学博士启动基金项目(190106)资助
  • 相关项目:野生大豆耐盐碱关键基因克隆与功能分析
中文摘要:

启动子中关键元件的数量、碱基变化等影响着所调控基因的表达模式。本文基于TAIR数据库的基因组序列和表达谱数据,首先通过BLAST比对和表达模式相关性分析,在拟南芥基因组范围内获得一批启动子序列相似程度很高而下游基因表达模式相反的启动子对,进而借助于PLACE顺式元件库,运用PatSearch软件找到这些启动子对中所含顺式元件种类与数量,并通过Culster聚类,GeneDoc和ContigExpress软件分析,获得了15个能影响胁迫条件下基因表达模式的关键顺式元件,这一发现暗示了生物系统利用较少的调控元件构建稳健与复杂的转录调控系统的方式。

英文摘要:

Important cis-acting element amount and base mutant in promoter affect expression pattern of according regulated gene.This paper based on genomic sequences and expression profile of TAIR database.First we find a group of promoter pairs which have high sequence similarity and reverse expression pattern of regulated downstream gene,and then using PLACE cis-acting elements database and PatSearch software,we find the sorts and numbers in these promoters.With Cluster、GeneDoc and ContigExpress analysis,we finally get 15 important cis-acting elements which can affect gene expression pattern under a certain stress condition.

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期刊信息
  • 《生物信息学》
  • 主管单位:中华人民共和国工业和信息化部
  • 主办单位:哈尔滨工业大学
  • 主编:任南琪
  • 地址:哈尔滨市南岗区西大直街92号136信箱
  • 邮编:150001
  • 邮箱:swxxx@hit.edu.cn
  • 电话:0451-86414260
  • 国际标准刊号:ISSN:1672-5565
  • 国内统一刊号:ISSN:23-1513/Q
  • 邮发代号:14-14
  • 获奖情况:
  • 国内外数据库收录:
  • 被引量:1292