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计算有向基因组圈图的连通分支的有效算法
  • ISSN号:1671-6132
  • 期刊名称:《南阳师范学院学报》
  • 时间:0
  • 分类:TP301[自动化与计算机技术—计算机系统结构;自动化与计算机技术—计算机科学与技术] O157[理学—数学;理学—基础数学]
  • 作者机构:[1]南阳师范学院数学系,河南南阳473061
  • 相关基金:国家自然科学基金资助项目(10271065,60373025);南阳师范学院院级资助项目
中文摘要:

基因组重排问题是分子生物学中的重要问题,进化问题的研究可归结为进化距离问题的研究,即计算从一个基因组进化为另一个基因组所需的最少的进化变换数目.可借助基因组之间的圈图研究翻转进化问题,Hannenhalli给出了一个计算圈图分支的一个线性时间算法,但考察的对象为圈图上的圈集合,且需要一些等价变换.从边集合出发给出了计算有向基因组的圈图连通分支的线性时间算法.

英文摘要:

Genomes rearrangement is an important problem in evolutionary molecular biology. From a computational perspective, the study of evolution based on rearrangements leads to a rearrangement distance problem, i.e., computing the minimum number of rearrangement events required to transform one genome to another. Bader et al give a linear-time algorithm, which requires two equivalent transformations of signed Bader et al permutations and unsigned per- mutations, for computing the connected components of the cycle graph between signed permutations, when the orientation of the genes is known. An algorithm for computing the connected components of the cycle graph of the given two signed genomes is studied, which is more efficient than the primary algorithm.

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期刊信息
  • 《南阳师范学院学报》
  • 主管单位:河南省教育厅
  • 主办单位:南阳师范学院
  • 主编:宋争辉
  • 地址:河南省南阳市卧龙路1638号
  • 邮编:473061
  • 邮箱:nysyxb@x263.net
  • 电话:0377-63523103
  • 国际标准刊号:ISSN:1671-6132
  • 国内统一刊号:ISSN:41-1327/Z
  • 邮发代号:36-265
  • 获奖情况:
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),波兰哥白尼索引,德国数学文摘,中国中国人文社科核心期刊
  • 被引量:6462