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基于耦合双向聚类技术的DLBCL异质性分析
  • ISSN号:0253-9772
  • 期刊名称:《遗传》
  • 时间:0
  • 分类:R394[医药卫生—医学遗传学;医药卫生—基础医学]
  • 作者机构:[1]同济大学医学遗传研究所,上海200092, [2]同济大学生命科学技术学院,上海200092, [3]哈尔滨医科大学生物信息学系,哈尔滨150086, [4]哈尔滨工业大学计算机学院,哈尔滨150001, [5]首都医科大学生物医学工程学院,北京100054, [6]Departments of Cardiovascular Medicine and Molecular Cardiology, Cleveland Clinic Foundation, Cleveland, Ohio 44195, USA
  • 相关基金:国家自然基金(编号:30170515,30370798,30571034和30570424);国家863项目(编号:2003AA2Z2051);黑龙江自然科学基金(编号:ZJG0501和F2004.02);211工程“十五”建设项目
中文摘要:

基因芯片技术为疾病异质性研究提供了有力的工具。当前基于传统聚类分析的方法一般利用芯片上大量基因作为特征来发现疾病的亚型,因此它们没有考虑到特征中包含的大量无关基因会掩盖有意义的疾病样本的分割。为了避免这个缺点,提出了基于耦合双向聚类的异质性分析方法(Heterogeneous Analysis Based on Coupled Two-Way Clustering.HCTWC)来搜索有意义的基因簇以便发现样本的内在分割。该方法被应用于弥漫性大B细胞淋巴瘤(diffuse large B-cell lymphoma DLBCL)芯片数据集,通过识别的基因簇作为特征对DLBCL样本聚类发现生存期分别为55%和25%的两类DLBCL亚型(P〈0.05),因此,HCTWC方法在解决疾病异质性是有效的。

英文摘要:

Microarray technology has proposed a powerful tool in dealling with the heterogeneity of disease. Currently, many methods in the field are based on traditional hierarchical clustering to discover subtypes of disease using a large number of genes on microarray.However, they did not considered that large unrelated noise (genes)may mask significant partitions and correlations of disease samples. To avoid the shortcoming, this paper presented a heterogeneous analysis based on coupled two-way clustering (HCTWC) to search interesting gene signature and find the natural partitions of disease samples. The method was applied to diffuse large B-cell lymphoma (DLBCL) microarray dataset. By identifying significant gene signature, we were able to discover the two new subtypes of DLBCL with survival rate 55% and 25% respectively. The results showed that HCTWC had the potential to be a powerful tool for solving the heterogeneity of disease on gene expression profile.

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期刊信息
  • 《遗传》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中国科学院
  • 主办单位:中国遗传学会
  • 主编:张永清
  • 地址:北京朝阳区北辰西路1号院中国科学院遗传发育所
  • 邮编:100101
  • 邮箱:yczz@genetics.ac.cn
  • 电话:010-64807669
  • 国际标准刊号:ISSN:0253-9772
  • 国内统一刊号:ISSN:11-1913/R
  • 邮发代号:2-810
  • 获奖情况:
  • 中国自然科学核心期刊,《CAJ-CD》执行优秀奖,2008年12月获“中国精品科技期刊”证书和北京市印...
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,荷兰文摘与引文数据库,美国生物医学检索系统,美国生物科学数据库,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:23270