采用个案研究法和比较研究法,将广东清远的村民理事会、自然村建制和揭阳的"一室两会"进行比较,发现它们的共性是动力机制趋同、治理资源相同、治理绩效类似,差异是制度设计不同、运行机制不同。村级理事会的问题是与原有组织体制之间的协调整合、村民参与积极性和可持续发展问题;自然村建制则是缺乏法律依据、缺乏村民认同感和违背了基层民主的发展趋势。政策建议是:基层创新要以维持乡村治理结构稳定为前提,要实现实践创新和理论指导的良性互动,要顺应基层民主的发展趋势,要建立社会性参与机构,要实现创新机制的可持续发展,实现从"为民作主"到"由民作主"的转变,推动农村治理能力现代化。