生态修复旨在通过重建生态系统的结构来恢复其原有的生态功能。随着污染加剧、过度捕捞和大型工程的建设,长江口的水生生态系统已呈现出全面退化状态,尤其是赤潮的频发和饵料生物的显著降低,严重破坏了长江口生态系统的结构和功能。为此先后进行4次大规模的长江口生态修复工程,包括3080尾特大规格的中华鲟、2.5万只中华绒螯蟹成体等的增殖放流,其中,2002年和2004年进行了长江口导堤底栖生物的生态修复工程。近年来的监测结果显示,长江口生态修复工程极大地增加了长江口导堤及附近水域底栖动物的密度和生物量,丰富水生生物多样性,并每年提供817万元的生态服务价值,相当于一个投资规模约为2万t的大型城市污水处理厂。