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中国在翻译后修饰的生物信息学研究领域的进展与前瞻
  • ISSN号:0253-9772
  • 期刊名称:遗传
  • 时间:2015.7.15
  • 页码:621-634
  • 分类:Q51[生物学—生物化学]
  • 作者机构:[1]华中科技大学生命科学与技术学院生物医学工程系,武汉430074, [2]上海大学系统生物技术研究所,上海200444, [3]南京医科大学组织胚胎学系,生殖医学国家重点实验室,南京210029, [4]中国科学技术大学信息科学与技术学院,合肥230027, [5]北京大学医学部基础医学院医学信息学系,北京100191, [6]南昌大学化学学院化学系,南昌330031, [7]中山大学生命科学学院,生物防治国家重点实验室,广州510275, [8]南昌大学理学院数学系,南昌330031, [9]中国科学院天津工业生物技术研究所,工业酶国家工程实验室与系统微生物工程重点实验室,天津300308, [10]上海科学院,上海生物信息技术研究中心,上海201203, [11]中国农业大学生物学院,农业生物技术国家重点实验室,北京100193, [12]同济大学电子与信息工程学院计算机系,上海201804
  • 相关基金:国家自然科学基金项目(编号:31471252,31371337,81222006,61471331); 国家重点基础研究发展规划(973计划)项目(编号:2011CB910600); 国家高技术研究发展计划(863计划)项目(编号:2012AA020201)资助
  • 相关项目:精子发生异常与男性不育
中文摘要:

翻译后修饰在调控蛋白质构象变化、活性以及功能方面具有重要作用,并参与了几乎所有细胞通路和过程。蛋白质翻译后修饰的鉴定是阐明细胞内分子机理的基础。相对于劳动密集的、耗费时间的实验工作,利用各种生物信息学方法开展翻译后修饰预测,能够提供准确、简便和快速的研究方案,并产生有价值的信息为进一步实验研究提供参考。文章主要综述了中国生物信息学者在翻译后修饰生物信息学领域所取得的研究进展,包括修饰底物与位点预测的计算方法学设计与完善、在线或本地化工具的设计与维护、修饰相关数据库及数据资源的构建及基于修饰蛋白质组学数据的生物信息学分析。通过比较国内外的同类研究,发现优势和不足,并对未来的研究作出前瞻。

英文摘要:

Post-translational modifications(PTMs) are essential for regulating conformational changes, activities and functions of proteins, and are involved in almost all cellular pathways and processes. Identification of protein PTMs is the basis for understanding cellular and molecular mechanisms. In contrast with labor-intensive and time-consuming experiments, the PTM prediction using various bioinformatics approaches can provide accurate, convenient, and efficient strategies and generate valuable information for further experimental consideration. In this review, we summarize the current progresses made by Chineses bioinformaticians in the field of PTM Bioinformatics, including the design and improvement of computational algorithms for predicting PTM substrates and sites, design and maintenance of online and offline tools, establishment of PTM-related databases and resources, and bioinformatics analysis of PTM proteomics data. Through comparing similar studies in China and other countries, we demonstrate both advantages and limitations of current PTM bioinformatics as well as perspectives for future studies in China.

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期刊信息
  • 《遗传》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中国科学院
  • 主办单位:中国遗传学会
  • 主编:张永清
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  • 邮编:100101
  • 邮箱:yczz@genetics.ac.cn
  • 电话:010-64807669
  • 国际标准刊号:ISSN:0253-9772
  • 国内统一刊号:ISSN:11-1913/R
  • 邮发代号:2-810
  • 获奖情况:
  • 中国自然科学核心期刊,《CAJ-CD》执行优秀奖,2008年12月获“中国精品科技期刊”证书和北京市印...
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,荷兰文摘与引文数据库,美国生物医学检索系统,美国生物科学数据库,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
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