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鲤鱼基因组同源框Hoxa3a序列同源性分析与分子进化研究
  • ISSN号:1005-3832
  • 期刊名称:《水产学杂志》
  • 时间:0
  • 分类:Q332[生物学—遗传学]
  • 作者机构:[1]中国水产科学研究院黑龙江水产研究所,黑龙江哈尔滨150070, [2]中国农业科学院哈尔滨兽医研究所兽医农业生物技术国家重点实验室,黑龙江哈尔滨150001
  • 相关基金:国家计划(973)项目(2010CB126305)
中文摘要:

本文利用生物信息学软件分析了鲤(Cyprinus carpio)基因组中同源框基因Hoxa3a与多种鱼类及其它生物的同源性,构建了分子进化树。结果表明:鲤与斑马鱼(Danio rerio)的序列同源性最高为95%,与大西洋鲑(Salmo salar)等四种鱼类的同源性次之为84%,与米氏叶吻银鲛(Callorhinchus milii)和鳐(Leucoraja erinacea)的同源性最低为74.5%,与三种鸟类的同源性为75%左右。这结果也说明,Hox同源框基因序列在进化上高度保守。在序列比较的同时发现了2个鲤的SNP位点,T101C和A213G。上述研究结果,对于保护生物多样性(尤其是遗传多样性)的研究,揭示生物进化历程及机理具有十分重要的意义。

英文摘要:

The sequence homology and molecular evolution of Hoxa3a gene were analyzed in common carp and other fishes and organisms by some bioinformatics softs.The results showed that the maximal sequence homology(up to 95%) was observed in common carp(Cyprinus carpio) and zebrafish(Danio rerio),followed by Atlantic salmon(Salmo salar),Japanese pufferfish(Takifugu rubripes),Japanese medaka(Oryzias latipes) and Cichlid fish(Astatotilapia burtoni)(about 84%),and the minimal(74.5%) in other fishes such as lttle skate(Leucoraja erinacea) and Australian ghost shark(Callorhinchus milii).The sequence homology of common carp with three non-fish organisms was found to be 75%.This result also showed that Hox gene sequences were highly conserved evolutionarily.In the sequence comparison at the same time,two common carp SNP sites 101 site(T/C) and 213 site(C/T) were found.The result has great significance for the conservation of biological diversity(particularly genetic diversity) study and reveals the progress and mechanism of biological evolution.

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期刊信息
  • 《水产学杂志》
  • 主管单位:中国水产科学研究院
  • 主办单位:中国水产科学研究院
  • 主编:石连玉
  • 地址:哈尔滨市道里区河松街232号
  • 邮编:150070
  • 邮箱:zazhi2000@126.com
  • 电话:0451-84861626
  • 国际标准刊号:ISSN:1005-3832
  • 国内统一刊号:ISSN:23-1363/S
  • 邮发代号:
  • 获奖情况:
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,波兰哥白尼索引,英国动物学记录
  • 被引量:3021