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类群特异性PCR引物设计与评估
  • ISSN号:1672-5565
  • 期刊名称:生物信息学
  • 时间:2013.6.15
  • 页码:79-85
  • 分类:Q518.2[生物学—生物化学]
  • 作者机构:[1]中国科学院海洋研究所海洋生态与环境科学重点实验室,山东青岛266071, [2]中国科学院大学,北京100049
  • 相关基金:国家基金委创新研究群体(项目批准号:41121064);国家973项目(项目批准号:2010CB428706);国家自然科学基金(项目批准号:41276115).
  • 相关项目:我国典型海域生态系统演变过程与机制
中文摘要:

本文以真核藻类18SrDNA类群特异性PCR引物的设计与评估为例,详细介绍了如何利用Primrose等一系列程序设计类群特异性PCR引物并评估其敏感性与特异性,并对这一方法的优势与应用类群特异性PCR引物进行群落多样性分析需要注意的问题进行了讨论。

英文摘要:

We take the design and evaluation of eukaryotie algae-targeted 18S rDNA PCR primers as an example, to give a step-by-step illustration of how to design and assess group-targeted PCR primers using Primrose and other programs. Then we summarize the advantages of the design & evaluation pipeline by comparing the amplification ef- ficiency of newly designed and previously reported 18S rDNA universal primers. Cautions are also emphasized on u- sing PCR-based strategies to assess community diversity.

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期刊信息
  • 《生物信息学》
  • 主管单位:中华人民共和国工业和信息化部
  • 主办单位:哈尔滨工业大学
  • 主编:任南琪
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  • 邮编:150001
  • 邮箱:swxxx@hit.edu.cn
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  • 国际标准刊号:ISSN:1672-5565
  • 国内统一刊号:ISSN:23-1513/Q
  • 邮发代号:14-14
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