运用超效率DEA视窗测度2009-2014年中国自贸试验区7大港口的效率,及Malmquist指数分析港口效率差异的原因,实证结果表明:中国自贸试验区港口效率存在上升趋势,但目前大多超效率DEA是无效的,且存在明显的梯度差异,深圳港和天津港效率最高,而珠海港和福州港效率最低;技术进步始终是港口全要素生产率增长的促进因素,综合技术效率受到规模效率的影响较大。因此,可利用自贸试验区政策优势实现港腹互动,并注重同一自贸试验区港口差异化发展和协同合作,协同提高技术进步和综合技术效率。