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鳜鱼基因表达转录分析中的内参选择比较
  • ISSN号:2095-8137
  • 期刊名称:《动物学研究》
  • 时间:0
  • 分类:Q344.13[生物学—遗传学] Q786[生物学—分子生物学]
  • 作者机构:[1]长沙人学生物工程与环境科学系,湖南长沙410003, [2]广西师范大学生命科学学院,广西梓林541004
  • 相关基金:国家自然科学基金(30771644;30972263);Aid Program for Science and Technology Innovative Research Team in Higher Educational Instituions of Hunan Province
中文摘要:

目前基因表达的转录分析多采用单一或多个看家基因作为内参来校正目的基因的表达量。该实验以鳜鱼6个不同组织和5个不同胚胎发育阶段为研究对象,应用实时荧光定量PCR技术,观察了GAPDH、β-actin和18SrRNA三个看家基因mRNA水平的表达情况。geNorm统计分析表明,胚胎发育阶段β-actin表达最为稳定;不同的组织样品间,GAPDH表达最为稳定;而18SrRNA的表达在不同的发育阶段不稳定。当利用多基因作为内参时,使用两个最稳定表达的看家基因即可对目的基因的表达进行准确校正。该结果证实了基因表达转录分析中内参基因选择的必要性,同时为鳜鱼等鱼类基因表达分析时内参基因的选择提供有价值的参考。

英文摘要:

At present, transcription analysis of gene expression commonly uses housekeeping genes as control for normalization. In this study, the expression levels of three housekeeping genes including GAPDH, β-actin, and 18S rRNA in six tissues and five developmental stages of the Mandarin fish Siniperca chuatsi were assayed with quantitative real-time PCR (qPCR). Differences in expression levels were analyzed using geNorm program. The results demonstrate that β-actin is the most stable gene at developmental stages and GAPDH is the most stable in different tissues. While 18S rRNA expression during development is differentially regulated, which indicates it is suitable as an internal control for gene expression normalization at the developmental level. Overall, the data suggest that the two most stable housekeeping genes are enough to accurately calibrate gene expression in S. chuatsi. The significance of this study provided convincing references and methodology for housekeeping gene selection and normalization in gene expression analysis with regular PCR or qPCR.

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期刊信息
  • 《动物学研究》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中国科学院
  • 主办单位:中国科学院昆明动物研究所
  • 主编:
  • 地址:昆明市教场东路32号中国科学院昆明动物研究所
  • 邮编:650223
  • 邮箱:zoores@mail.kiz.ac.cn
  • 电话:0871-5199026 5113532
  • 国际标准刊号:ISSN:2095-8137
  • 国内统一刊号:ISSN:53-1229/Q
  • 邮发代号:64-20
  • 获奖情况:
  • 2009年第三届云南省优秀期刊奖,1996年荣获云南省优秀科技期刊二等奖,2000荣获中国科学院优秀期刊三等奖,中国期刊方阵“双效”期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,荷兰文摘与引文数据库,美国生物医学检索系统,美国剑桥科学文摘,美国生物科学数据库,英国动物学记录,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),瑞典开放获取期刊指南,中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:10857