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创建neighbor-joining进化树的快速算法(英文)
  • ISSN号：1003-7985
  • 期刊名称：《东南大学学报：英文版》
  • 时间：0
  • 分类：TP301.6[自动化与计算机技术—计算机系统结构;自动化与计算机技术—计算机科学与技术]
  • 作者机构：华中科技大学计算机科学与技术学院, 华中科技大学并行计算研究所, 华中科技大学并行计算研究所 武汉430074, 武汉430074
  • 相关基金：TheNationalNaturalScienceFoundationofChina(No.60473015).
作者： 陈宁涛, 王能超, 施保昌
关键词： 进化树, 邻接法, 快速算法, 进化多序列比对
中文摘要：

为了改善Saitou和Nei提出的neighbor-joining进化树算法(SN)及Studier和Keppler的改进算法(SK),降低计算的时间复杂度,设计了一种快速算法.该算法涉及3种技术第一,引入一个线性数组A[N],用于存储距离矩阵每一行的值,以减少许多重复计算;第二,A[i]的值在算法开始时全部计算,在迭代步中间只进行更新3个变化的值;第三,设计了一个紧凑的公式用于计算OTUs之间的边长,并对该公式进行了证明.实验结果表明随着节点数的增多,该算法比SN算法快几十倍到上百倍,比SK算法快2倍以上;在一台桌面计算机上,该算法能在3min左右创建具有2000个节点的进化树.以空间换时间,减少最内层循环的计算量是设计多重循环算法的基本思路.

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期刊信息
  • 《东南大学学报：英文版》
  • 主管单位:教育部
  • 主办单位:东南大学
  • 主编：毛善锋
  • 地址：南京市四牌楼2号
  • 邮编：210096
  • 邮箱：xuebao@seu.edu.cn
  • 电话：025-83794323 83794343传
  • 国际标准刊号：ISSN：1003-7985
  • 国内统一刊号：ISSN：32-1325/N
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  • 2010年和2012年荣获第三届和第四届中国高校优秀科...
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘（网络版）,美国数学评论（网络版）,德国数学文摘,荷兰文摘与引文数据库,美国工程索引,美国剑桥科学文摘,英国科学文摘数据库
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