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基于DNA序列LZ复杂性距离的系统进化树重构
  • ISSN号:1002-0470
  • 期刊名称:《高技术通讯》
  • 时间:0
  • 分类:Q523[生物学—生物化学] S852.659.6[农业科学—基础兽医学;农业科学—兽医学;农业科学—畜牧兽医]
  • 作者机构:[1]中南大学信息科学与工程学院,长沙410083, [2]中南大学物理学院,长沙410083
  • 相关基金:国家自然科学基金(60371046)资助项目.
中文摘要:

根据LZ复杂性的原理,提出了序列间条件LZ复杂性的概念.基于条件LZ复杂性,定义了非空序列间的LZ复杂性距离.选取20种有胎盘哺乳动物,以它们的全线粒体基因组作为分子数据,计算两两之间的LZ复杂性距离,得出距离矩阵.根据计算出的LZ复杂性距离矩阵重构了20种有胎盘哺乳动物的系统进化树.基于LZ复杂性距离所得的系统进化树支持有胎盘哺乳动物中的灵长动物(Primates)、原蹄动物(Ferungulate)和啮齿动物(Rodents)三者之间灵长动物与原蹄动物之间亲缘关系更近一些的观点.

英文摘要:

According to the principle of LZ complexity, the concept of condition LZ complexity between two sequences was proposed. A LZ complexity distance measure between two nonnull sequences was defined based on the condition LZ complexity. Distance values between two sequences were calculated using the molecular data of complete mitochondrial genomes derived from 20 Eutherian animals, then the distance matrix was obtained. A phylogenetic tree was reconstructed under the sequence LZ complexity distance matrix. The phylogenetic tree, reconstructed based on LZ complexity distance, surpports the suggestion that among the three main groups of placental mammals, i.e. Primates, Ferungulates, and Rodents, the former two are more geneticall rated.

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期刊信息
  • 《高技术通讯》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:中华人民共和国科学科技部
  • 主办单位:中国科学技术信息研究所
  • 主编:赵志耘
  • 地址:北京市三里河路54号
  • 邮编:100045
  • 邮箱:hitech@istic.ac.cn
  • 电话:010-68514060 68598272
  • 国际标准刊号:ISSN:1002-0470
  • 国内统一刊号:ISSN:11-2770/N
  • 邮发代号:82-516
  • 获奖情况:
  • 《中国科学引文数据》刊源,《中国科技论文统计与分析》刊源
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),荷兰文摘与引文数据库,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),英国英国皇家化学学会文摘
  • 被引量:12178